林麝隶属于偶蹄目麝科,是国家I级濒危保护动物,曾经广泛分布在我国中部和南部大部分地区,但是由于栖息地片段化以及持续的人为活动干扰,林麝的栖息地面积大大缩小,现在仅点状分布在我国西南部的高山森林中。林麝被列在国际自然保护联盟(IUCN)红皮书中,也被列在濒危野生动植物国际贸易公约附录(CITES)中。由于雄性林麝盛产麝香,并且市场需求量大,价格高,因此,一些盗猎者为了获取麝香带来的巨额利润而铤而走险,使林麝处于濒临灭绝的边缘,但是其确切的种群密度却并未得到有效的评估。主要组织相容性复合体(Major Histocompatibility Complex, MHC)是哺乳动物中的一类重要分子,在哺乳动物机体的免疫反应中起着抗原呈递作用,MHC分为Ⅰ类及Ⅱ类分子,Ⅱ类分子主要呈递细胞外抗原到T淋巴细胞而启动免疫反应,其胞外结构α1和β1结构域是抗原的多肽结合部位,具有较高的多态性,对动物种群MHC Ⅱ类分子的抗原结合部位的基因多肽性的评估可以了解种群在自然界中的环境适应性,通过对濒危物种的MHC Ⅱ类分子变异性进行评估可以提高保护工作的有效性。因此,本研究首先利用距离取样法对林麝种群密度进行评估,以了解林麝的种群现状,然后,通过非损伤性取样,对林麝种群的适应性基因多态性进行评估,以了解林麝潜在的环境适应性,通过研究我们得到如下结果：(1)林麝种群现状调查(i)在所选样地的次森林及原始林分别铺设样线后调查发现,在原始林中发现林麝的粪堆数为0.16堆粪便每千米长样线,远远大于在次生林中发现的林麝粪堆数(0.04堆粪便每千米长样线),因此,林麝常常栖息在原始林中。(ii)通过Dsitance软件计算得出林麝的种群密度很小,仅有0.16-0.24头/km2。(iii)林麝的栖息地遭受到严重的人为破坏,调查过程中共发现违法搭建的小木棚6间,钢丝套65个,进入保护区采药、打笋、放牧等违法人员共49人,特别是盗猎极大的危害了林麝的生存。(2)林麝种群MHC基因变异性评估(i)研究发现林麝MHC的变异性较高,研究的6个座位中共发现102条等位基因。其中DRA共有8条等位基因；DQA1共有6条等位基因；DQA2共有8条等位基因；DRB3共有30条等位基因；DQB1共有28条等位基因；DQB2共有22条等位基因。(ii)林麝野生种群与圈养种群间MHC变异性比较发现圈养种群相对野生种群具有较高的MHC变异性,这表明林麝圈养种群相对野生种群同样具有较强的环境适应能力,也说明了林麝的遗传资源得到了有效的管理。(iii)本研究得出,林麝低纬度种群拥有更高的MHC变异性,低纬度种群的基因丰富度、基因多样性以及抗原结合位点处的氨基酸残基数量都显著大于高纬度种群。综上所述,由于人为活动干扰,特别是盗猎活动的存在,使得林麝种群仅存有极小的种群密度,因此建议国家在保护方面增加投入,增加保护区工作人员,加强保护区的日常巡护工作,杜绝人为干扰及偷猎现象；另外,低纬度宿主的致病菌高于高纬度种群的宿主,而林麝低纬度种群相对于高纬度种群较高的MHC变异性或许是对环境的适应,因此,建议在进行林麝迁地保护时考虑迁后栖息地环境特别是致病菌对林麝种群的影响。