鳄蜥是我国一级保护动物,具有重要的科学研究价值,但种群数量在迅速减少,已经处于濒临灭绝的状态。对其开展遗传多样性和遗传结构的分析研究,对于了解其遗传背景,揭示其遗传多样性的状况和对其制定有效科学的保护对策具有重要理论指导意义。本论文利用线粒体控制区序列作为其分子标记,对我国鳄蜥分布区内的昭平县、桂平市大藤峡、贺州市大桂山、金秀瑶族自治县罗香乡和广东罗坑自然保护区的5个地理种群进行了遗传多样性和遗传结构研究,结论如下:(1)当前我国鳄蜥种群的遗传多样性水平较高(π=0.02913±0.03453,h=0.990±0.008)。其中昭平地理种群具有最高的π值,为0.03963±0.03832,罗坑地理种群的π值最低,为0.00180±0.00680。(2) 5个地理种群间存在着一定的遗传分化,罗坑地理种群和大藤峡地理种群的分化最为显著。鳄蜥的遗传变异在地理种群间的(53.61%)大于在地理种群内的(46.39%)。(3)鳄蜥种群在进化历史进程中经发生过自身种群的膨胀。(4)鳄蜥群体具有单倍型遗传多样性高,而核苷酸遗传多样性低的特点。(5)鳄蜥现在的濒危状况不是其遗传多样性低造成的。鉴于以上实验的研究结果,结合鳄蜥生境背景以及种群动态等,对今后鳄蜥的保护工作提出如下建议:(1)大力遏制鳄蜥当前栖息地和各地理种群继续片段化的趋势,严厉打击捕偷等非法行为,防止鳄蜥各种群数量的继续下降及丧失遗传多样性;(2) 5个地理种群间的遗传分化相对显著,应作为5个管理单元分别保护;(3)罗坑鳄蜥地理种群遗传多样性在5个地理种群中是最低的,但种群数量较大,因此从保护物种基因库的角度建议给与优先保护;(4)继续加强鳄蜥分子生态学与宏观生态学的研究与结合,促进对该濒危物种的深入了解,以便更好地保护该物种。