近年来，随着我国社会主义市场经济体制的逐步完善、政府职能的转变以及“小政府、大社会”社会治理目标模式的确立，非政府组织在承接政府改革转移出来的职能过程中获得了更多的发展空间，发挥着越来越重要的作用，并日益成为人们社会生活中不可或缺的重要组织形式。然而在我国现阶段转型期，无论是公众对于非政府组织的认识还是非政府组织自身的发展都处在初级阶段，加之许多制度性障碍及其自身治理缺陷的存在，非政府组织作为社会多元治理主体之一的地位尚未突显。因此，从公共治理的角度，对我国非政府组织的功能和发展进行剖析，找出其存在问题，并提出有效治理的可行路径就显得尤为必要。本文系统分析了我国非政府组织的内涵、功能及兴起动因，并结合案例提出了非政府组织发展中存在的问题，进而剖析了现阶段其面临的治理环境，在此基础上，笔者从非政府组织自身、政府以及企业三个维度对我国NGO有效治理的路径选择进行了有益探索。