免税重组是我国为鼓励企业重组而实行的递延纳税税收政策,其内容为收购企业在收购目标企业的股权或者资产时交易对价涉及股权支付时,若满足财税[2009]59号文中的适用条件,目标公司及其股东可以在重组当期暂不确认资产或者股权所产生的损益,待到再次处置股权时予以确认并产生纳税义务。但是在免税重组中,递延纳税只适用于法人股东,对于自然人股东而言,其只能适用财税[2015]41号文规定的5年分期纳税,对于合伙企业股东而言,现阶段并未对其规定税收优惠。在免税重组的实际进程中,正是由于股东类型差异下适用不同的税收待遇,致使众多企业重组终止,如国投中鲁重大资产重组失败、北纬通信并购杭州掌盟失败等。基于税法基本原则,审视免税重组中自然人股东适用的财税[2015]41号文件和国家税务总局公告2014年第67号文件,发现其法理罅缺表现为:一是未在免税重组制度中落实税收法定原则,税收优惠制定权在立法机关与行政机关之间配置混乱,同时免税重组法律位阶过低影响经济交易的稳定性;二是前述41号文和67号公告部分条款有违税收公平原则,41号文中非货币性资产投资在尚未实现收益时确认纳税、分期纳税期限设置不合理、现金补价优先纳税存在不公平性,67号公告中未明确对赌协议转让方补偿款的处理、以成本为计税基础的股权原值加重税负、扣减的合理费用范围过小;三是前述41号文和67号公告部分条款存在效率瑕疵,41号文中未明确“合理确定分期缴纳计划”,67号公告中受让人为代扣代缴的纳税主体增加行政难度、申报纳税存在税款流失可能。基于政策对比梳理、国投中鲁重大资产重组案分析并借鉴美英免税重组个税制度经验,可从三个方面对免税重组中自然人股东个税制度进行优化。一是优化免税重组个税法律制度,将税收优惠制定权集中于立法机关;在法律层面构建免税重组制度;在《个人所得税法》上位法中增加有关免税重组的授权条款并在下位法中予以具体明确。二是增强免税重组中个税制度的公平性,协同不同类型股东差异下的税收待遇,均适用递延纳税;修改41号文的纳税处理,基于实现规则对非货币性资产投资所得实行递延纳税并以转让时点股票的公允价值作为计税依据;完善67号文的计税规则,规定对赌协议中转让方的补偿款可抵扣股权转让收入,以已经实现的利得作为计税基础且明确合理费用。三是提升信息不对称下免税重组中个税征管的行政效率,逐步实现股权转让方自主申报纳税,运用大数据升级税务机关个税税源监控技术。