南方红豆杉（Taxus wallichiana Zucc.var.mairei（Lemee＆H.Léveillé）L.K.Fu＆Nan Li）为裸子植物红豆杉科（Taxaceae）常绿乔木,主要分布于我国秦岭以南各省区,属国家一级重点保护植物。本研究以采自江西16个县市37份南方红豆杉为材料,采用主成分分析、方差分析、聚类分析等方法对37份南方红豆杉的表型进行多样性分析和综合评价,筛选出优良种源;对假种皮的色值进行数量分析,探究假种皮在色值上是否存在差异;以黄色、橙色、橙黄色、红色假种皮为原材料,对其呈色物质胡萝卜素、类黄酮进行广泛靶向代谢组学分析,旨在找出使其呈现不同颜色的关键代谢物,现得到结论如下:（1）南方红豆杉球果的表型性状存在着丰富的变异:5个描述性状的多样性指数在0.494～1.876之间,其中球果形状的多样性指数最大,为1.876;8个数量性状的变异系数范围在7.49%～26.55%之间。其中,种子长的变异系数最低（7.49%）,球果百粒重的变异系数最高（26.55%）。球果百粒重、球果长、球果长宽比、球果宽之间正相关性极显著（P＜0.01）,种子长和种子宽之间无显著相关性（P＞0.05）。前4个主成分累计贡献率97.494%,对南方红豆杉球果的大部分性状反映良好。在欧式距离为10处,37份南方红豆杉球果被聚成4类。这为南方红豆杉球果的开发利用提供了基础数据。（2）南方红豆杉色值差异明显且颜色多样性丰富:使用聚类分析方法得到的分类结果不能完全表达假种皮颜色的分类特点,而用ISCC-NBS色名表示法对假种皮颜色的定义更为准确,可将假种皮颜色分为黄色、红色、橙色和橙黄色4大色系,其中红色系的样本数量最多,占86.49%。L*、a*、b*值与各色系都有较大程度的对应。南方红豆杉假种皮颜色丰富,且不同色系的假种皮色值差异明显。假种皮颜色的L*值和C*值有明显的正相关性。L*值和C*值在二维坐标上分为两类,橙黄色、红色和橙色系一类;黄色单独一类。综上所述,仪器测色法+ISCC-NBS色名表示法,使南方红豆杉假种皮颜色的分类和定义更加精确,为不同颜色球果的南方红豆杉园林培育和遗传育种提供了理论依据。（3）不同颜色假种皮类胡萝卜素种类差异不显著但含量差异显著:定性分析表明4种颜色假种皮共鉴定出9种类胡萝卜素,全为类胡萝卜素合成途径上的代谢产物。其中红色和橙色假种皮中鉴定出8种,黄色和橙黄色假种皮中鉴定出9种,花药黄质只在黄色和橙黄色假种皮中发现;定量分析表明橙黄色假种皮积累的类胡萝卜素含量最高,黄色次之,红色最少,叶黄素积累量在4种颜色假种皮中所占比例均为最高。综上所述:南方红豆杉假种皮中类胡萝卜素的主要成分是叶黄素,花药黄质的积累可能是假种皮呈现出黄色的主要原因之一,类胡萝卜素总量的高低与假种皮的呈色息息相关。这为南方红豆杉的园林培育以及分子育种提供了理论参考。（4）不同颜色假种皮类黄酮含量种类差异不显著但含量差异显著:鉴定出272种黄酮类代谢物,包括10种查尔酮,25种二氢黄酮,2种二氢异黄酮,9种二氢黄酮醇,15种花青素,59种黄酮,81种黄酮醇,9种黄酮碳糖苷,16种黄烷醇,1种其他类黄酮,17种双黄酮,16种异黄酮,12种原花青素。不同颜色假种皮花青素种类无显著差异,但花青素积累量差异明显,黄色假种皮中飞燕草素-3-O-葡萄糖醛酸苷积累量显著高于其他颜色假种皮;橙黄色假种皮中飞燕草素-3-O-（6’’-O-对香豆酰）葡萄糖苷积累量最高,与其他颜色假种皮有着明显的区分;飞燕草素-3-O-（6’’-O-咖啡酰）葡萄糖苷只在红色假种皮中检测到,在其他颜色假种皮中均未检测到,因此推断飞燕草素-3-O-葡萄糖醛酸苷积累是假种皮变红的重要原因。该发现为今后假种皮的遗传育种提供了一定的技术参考。