湿地作为地球三大生态系统之一,在全球环境持续发展、食物供给和维持生物多样性等方面发挥着重要作用。为了解湿地利用方式转变对湿地生态系统的影响,丰富我国滨海湿地微生物学与生态学领域的基础研究,本文以我国东部11个典型滨海湿地为研究对象,分析比较湿地围垦养殖前、后土壤理化性质、养分含量及有机碳组分的变化,并借助高通量测序技术探究土壤微生物多样性及群落结构对湿地围垦养殖的响应,以期为合理应用与管理湿地资源,实现环境友好型社会,维持湿地生态系统多项服务功能提供理论依据。主要研究结果如下:1.湿地围垦养殖后土壤全剖面（0-30 cm）容重显著增加（p0.05）,p H变化表现不一。红树林湿地围垦后土壤全剖面含水量、全氮（TN）含量（除珍珠湾）和速效磷（AP）含量（除东寨港）显著下降（p<0.05）。碱蓬湿地围垦后土壤全剖面AP含量显著增加（p0.05）,红树林湿地围垦后土壤上层细菌数量有所减少。碱蓬湿地和盐城芦苇湿地围垦后土壤上层真菌数量显著减少（p<0.05）。仅以真菌/细菌比值判定土壤碳库稳定性变化的指示性不强。4.湿地围垦养殖后土壤上层（0-15 cm）细菌群落多样性与丰富度均有所下降,未显著改变细菌门水平群落组成,主要优势细菌门为:变形菌门（Proteobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、酸杆菌门（Acidobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）。湿地围垦养殖改变了土壤优势细菌属,九龙江口和东寨港湿地围垦使得土壤中寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）相对丰度均有所升高,东寨港湿地围垦使假单胞菌属（Pseudomonas）相对丰度也有所增加,并新增了气单胞菌属（Aeromonas）。5.不同地域湿地围垦养殖对土壤上层（0-15 cm）真菌群落多样性及丰富度影响表现不一致,九龙江口湿地围垦使得土壤真菌多样性及丰富度有所下降,黄河口和东寨港湿地围垦使土壤真菌多样性及丰富度显著增加。湿地围垦前、后土壤子囊菌门（Ascomycota）均占绝对优势,但其相对丰度在围垦后显著下降。围垦改变了土壤真菌属水平群落组成,黄河口湿地围垦使得翅孢壳属（Emericellopsis）、毛霉属（Mucor）、枝顶孢属（Acremonium）消失,九龙江口和东寨港湿地围垦使青霉属（Penicillium）相对丰度显著下降,并新增了镰刀菌属（Fusarium）,九龙江口湿地围垦还新增了链格孢属（Alternaria）。6.环境因子对湿地土壤细菌、真菌相对丰度有显著影响,寡养单胞细菌属（Stenotrophomonas）与含水量呈显著负相关（p<0.05）,与容重和p H呈极显著正相关（p<0.01）;Sulfurimonas、Woeseia等细菌属与土壤容重呈极显著负相关（p<0.01）。青霉真菌属（Penicillium）与容重呈显著负相关（p<0.05）,与p H呈极显著负相关（p<0.01）,与总有机碳（SOC）含量呈极显著正相关（p<0.01）;翅孢壳真菌属（Emericellopsis）与容重和p H呈显著正相关（p<0.05）,与总有机碳含量呈极显著负相关（p<0.01）。综上所述,湿地围垦养殖对土壤理化状况、营养条件和微生物群落结构等产生了较大影响。如湿地围垦后土壤容重显著增加（p<0.05）,总有机碳（SOC）平均含量、细菌群落多样性与丰富度减少等,均在一定层面上反映出围垦后土壤质量有所下降;湿地围垦还带来了多种致病菌的新增,如气单胞菌属（Aeromonas）、镰刀菌属（Fusarium）、链格孢属（Alternaria）等。由此看来,围塘养殖的土地利用方式虽发展了沿海养殖产业,提高了养殖户的经济收入,但在一定程度上对湿地土壤结构造成了破坏,湿地生态系统稳定性面临较大风险。基于此,养殖户在进行养殖作业时需格外注意养殖环境的改善和污染物的产生及排放,管理手段的升级,定期进行消毒清淤,确保养殖产品质量的同时推进湿地生态系统绿色健康发展。