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目的:本研究旨在探索甘南夏河地区藏、回、汉学龄儿童肠道及口腔微生物群落结构,并比较不同民族学龄儿童肠道及口腔微生物组成及多样性差异;在此基础上分析肠道微生物菌群与口腔微生物菌群的相关性;同时分析肠道及口腔微生物与膳食摄入的关系。以期为预防治疗与微生物有关的肠道及口腔疾病提供数据基础及参考依据。方法:基于Illumina Miseq高通量测序方法,以143名藏、回、汉族学龄儿童为研究对象,收集粪便样本（藏族44名、回族49名、汉族50名）和口腔样本（藏族20名、回族20名、汉族20名）并提取基因组DNA,进行高通量测序（16S rDNA测序）。利用mothur、R语言等软件进行微生物群落结构及多样性的差异分析。采用问卷（基本情况调查表、膳食频率调查表、72H膳食记录表）对研究对象进行基本情况及膳食摄入的现状调查。结果:（1）藏、回、汉族学龄儿童粪便样本共143个,共获得9876756条平均长度约为414bp的高质量序列,平均每个样本含69068条高质量序列,可分类到25个门、47个纲、57个目、99个科、253个属。（2）藏、回、汉族学龄儿童肠道微生物的优势菌门分别为厚壁菌门（Firmicutes,47.61%）、拟杆菌门（Bacteroidetes,38.05%）、变形菌门（Proteobacteria,6.80%）、放线菌门（Actinobacteria,6.12%）,优势属分别为拟杆菌属（Bacteroides,19.41%）、普雷沃菌属（Prevotella,8.30%）、栖粪杆菌属（Faecalibacterium,6.52%）、双歧杆菌属（Bifidobacterium,4.79%）。共有8个科（紫单胞菌科（Porphyromonadaceae）、蛭弧菌科（Bdellovibrionaceae）、厌氧原体科（Anaeroplasmataceae）、克里斯滕森菌科（Christensenellaceae）、Catabacteriaceae、消化球菌科1（Peptococcaceae1）、甲烷杆菌科（Methanobacteriaceae）、韦荣氏菌科（Veillonellaceae））和7个属（丁酸单胞菌属（Butyricimonas）、颤杆菌属（Oscillibacter）、巴恩斯氏菌（Barnesiella）、Catabacter、链球菌属（Streptococcus）、螺丝氏菌（Roseburia）、帕拉普雷沃菌属（Paraprevotella））的平均相对丰度在不同民族学龄儿童间存在统计学差异（P<0.05）。（3）Alpha多样性指数中,Observed species指数和ACE指数在藏族、回族、汉族儿童中均存在统计学差异（P<0.05）。Shannon指数在回族和汉族中存在统计学差异（P<0.05）,同时Shannon指数在藏族和汉族儿童中也存在统计学差异（P<0.05）。基于UniFrac的加权和非加权的主坐标分析（Principal Coordi nate Analysis,PCoA）显示藏、回、汉族儿童肠道样本存在交叠现象。（4）藏、回、汉族学龄儿童的蔬菜类、水果类、畜肉类、水产类的摄入量存在统计学差异。学龄儿童肠道微生物中共有17个属与膳食摄入（蛋类、水果类、坚果、粮谷类、奶及奶制品类、畜肉类、禽肉类）具有相关性（P<0.05）,且相关系数>0.3。（5）藏、回、汉族学龄儿童唾液样本共60个,共得到4600398条平均长度约为421bp的高质量序列,平均每个样本含76673条高质量序列,可分类到21个门、33个纲、57个目、81个科、119个属。（6）藏、回、汉族学龄口腔微生物的优势菌门分别为拟杆菌门（41.19%）、变形菌门（24.83%）、厚壁菌门（22.14%）、梭杆菌门（Fusobacteria,6.38%）,优势属分别为普雷沃菌属（27.22%）、奈瑟菌属（Neisseria,11.50%）、卟啉单胞菌（Porphyromonas,9.69%）、韦荣氏菌属（Veillonella,8.26%）。共有1个门（厚壁菌门）、2个科（链球菌科（Streptococcaceae）、莫拉菌科（Moraxellaceae））和4个属（莫拉菌属（Moraxella）、卟啉单胞菌属、链球菌属、Anaerovorax）的平均相对丰度在藏、回、汉族学龄儿童间存在统计学差异（P<0.05）。（7）alpha多样性指数中,Observed species指数在藏、回、汉族儿童口腔微生物中无统计学差异（P>0.05）。Shannon指数在汉族和藏族儿童中存在统计学差异（P<0.05）,在回族和藏族儿童中也存在统计学差异（P<0.05）。基于UniFrac的加权和非加权的PCoA显示藏、回、汉族儿童口腔样本存在交叠现象。（8）藏、回、汉族学龄儿童的畜肉类的摄入量存在统计学差异。学龄儿童口腔微生物中共有13个属与膳食（甜食、蔬菜类、畜肉类）摄入存在相关性（P<0.05）,且相关系数>0.3或<-0.3。其中蔬菜的摄入与Bulleidia和乳杆菌属（Lactobacillus）呈正相关,可能与Bulleidia和乳杆菌属具有发酵碳水化合物的能力有关。（9）alpha多样性指数中,藏、汉、回族儿童口腔微生物的Observed species指数和Shannon指数与肠道微生物的Observed species指数和Shannon指数均存在统计学差异（P<0.05）。基于UniFrac的加权和非加权的PCoA显示藏、回、汉族儿童口腔样本与肠道样本完全分离。儿童口腔与肠道微生物存在相关性,其中口腔中共有123个属与肠道中193个属存在相关性且相关系数>0.3或<-0.3。结论:（1）藏、回、汉族学龄儿童肠道微生物菌群在科和属水平上存在差异细菌,此外,三个民族肠道微生物菌群的alpha多样性存在统计学差异,但三个民族肠道样本在PCoA图上分布存在交叠现象。（2）藏、回、汉族学龄儿童口腔微生物菌群在门、科和属水平上存在差异细菌,此外,三个民族肠道微生物菌群的Observed species指数存在统计学差异,但三个民族肠道样本在PCoA图上分布存在交叠现象。（3）儿童膳食摄入与肠道微生物菌群和口腔微生物菌群的存在相关性。（4）儿童口腔微生物与肠道微生物存在相关性。综上,在地理环境相似的情况下,民族差异更偏向驱动青藏高原学龄儿童肠道及口腔微生物的alpha多样性,且二者均受膳食摄入的影响,还存在互作效应。