提取赤麂细胞株总DNA,参照我们实验室已测定的同属动物小麂线粒体全基因组序列设计引物,PCR扩增、测序、拼接,获得赤麂的线粒体全基因组序列并进行生物信息学分析。赤麂的线粒体基因组序列全长16 354 bp,并将其 22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白编码基因和1个D-loop区在线粒体基因组上进行了基因定位。研究结果表明赤麂、黑麂与小麂及其它哺乳动物线粒体的基因组结构相似,其序列同源性都较高。利用GenBank所得到的线粒体序列,我们讨论了赤麂在麂亚科、鹿科、鲸偶蹄类中进化地位以及其他相关物种的进化关系。基于连接在一起的13个蛋白编码基因的氨基酸序列,构建系统进化树,我们认为在麂亚科小麂、赤麂和黑麂这三种动物中,小麂是较原始的物种,赤麂和黑麂较晚的近缘种,是从类似小麂的祖先演化而来。在鹿科12种动物(马鹿、梅花鹿、獐、黑麂、赤麂、小麂、驼鹿、狍鹿、北美狍鹿、黑尾鹿、白尾鹿和驯鹿)中,以线粒体控制区构建进化树我们得到的结论是:①鹿科12种动物分子系统树基本与NCBI分类一致;②美洲鹿亚科驼鹿属驼鹿在鹿科12种动物中处于最为原始的地位;③小麂比赤麂和黑麂更为原始; ④獐亚科獐属的獐与美洲鹿亚科狍鹿属的狍鹿和美洲狍鹿聚为一支。在鲸偶蹄类7种动物(长须鲸、猪、河马、羊驼、赤麂、奶牛和绵羊)中,基于连接在一起的13个蛋白编码基因的氨基酸序列,构建进化树,我们的结论是①这7种动物分为3支,赤麂、绵羊和奶牛一支,猪和羊驼一支,河马和长须鲸一支;②赤麂与绵羊的亲缘关系比赤麂与奶牛的亲缘关系更近;③赤麂与绵羊的分歧时间约为14.7百万年前,赤麂与奶牛的分歧时间约为16.0百万年前。