水电开发是一柄双刃剑，在提供电力能源、防洪、灌溉和供水等功能的同时，也给流域的生态环境带来了不利的影响。随着新一轮的“跑马圈水”，最大化的开发水电潜能，必然会给我国的生态环境带来更大的压力。生态环境是人类生存和发展的基本条件，是经济社会发展的基础。水电开发地区是我国重要的生态区，其生态环境的质量不仅影响到该地区的可持续发展，而且影响到中下游及全国广大区域，从而影响全国的生态安全和经济社会发展。正确认识我国水电开发地区的生态环境现状，建立科学合理的水电开发生态补偿机制，科学实施水电开发，妥善解决水电开发带来的生态环境问题，是生态保护能否顺利开展的关键。而在生态补偿过程中，政府作为多方利益协调者的地位是不可替代的。为此，建立政府主导下的水电开发生态补偿机制是非常必要和合理的。 本文在掌握国内外生态补偿研究现状的基础上，分析总结了生态补偿领域的成功经验和存在的问题，提出了水电开发生态补偿的概念、理论基础。在全面分析和总结国外政府在生态补偿中的作为基础上，提出了建立政府主导下的水电开发生态补偿机制。本文的核心部分包括两部分，一是提出了水电开发生态补偿机制的概念，研究了水电开发生态补偿主体、补偿对象、补偿方式、补偿标准。二是研究了政府在水电开发补偿机制的主导性，政府一方面制定完备的法律、法规，为水电开发生态补偿机制提供了制度框架；另一方面，运用多种方式保障水电开发补偿机制良性运行。本文为我国建立水电开发生态补偿机制提供了参考。