18S核糖体RNA m6A甲基转移酶METTL5与胃肠癌风险/预后相关性及生物信息学功能分析

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目的:本研究旨在探索核糖体RNA N6-甲基转移酶5(METTL5)在胃癌中的蛋白表达差异及预后特征,以及METTL5在结、直肠癌中RNA和蛋白表达水平及预后特征。研究方法:本研究共收集了168例胃癌组织及154例胃癌周围组织即癌旁的正常组织和93例胃癌周围的肠化组织,用免疫组织化学染色(IHC)方法检测胃癌中METTL5的蛋白表达水平。此外,我们还收集了78例结、直肠癌组织及癌旁正常组织,用IHC方法检测结、直肠癌中METTL5的蛋白表达水平。同时,我们收集了63例结、直肠癌组织及63例癌旁正常组织,通过实时定量-聚合酶链式反应(RT-PCR)的方法检测结、直肠癌中METTL5的RNA表达水平。采用多因素Cox回归分析,明确了METTL5的蛋白过表达在113例胃癌患者中的预后价值,并根据METTL5蛋白的高低表达水平构建了一种用于评估胃癌患者预后的临床预后列线图模型。本研究还通过TCGA和GEO数据库中的胃癌数据集验证了在胃癌患者中,METTL5的过表达与患者的预后之前潜在的关系。我们采用Kaplan–Meier生存分析方法,确定了METTL5蛋白水平过表达,在78例结、直肠癌患者中的预后作用和METTL5 RNA水平过表达,在63例随访结、直肠癌患者中的预后作用。我们进一步进行了基因富集分析(GSEA),以探索METTL5蛋白在胃肠道肿瘤中潜在的作用机制和可能调控的通路。结果:通过IHC实验,我们发现METTL5的蛋白表达水平在胃癌组织、胃癌癌旁肠化生组织和胃癌癌旁正常组织中的表达量依次增加,并且p值存在显著地差异(p<0.0001)。此外,在结、直肠癌组织中,METTL5无论在RNA水平还是在蛋白水平,其表达量都明显高于癌旁结、直肠组织(p<0.0001)。通过相关性分析,我们发现METTL5的蛋白表达水平与胃癌患者的5个临床风险因素,包括浸润深度、TNM分期、分化程度、生长方式和神经周围浸润都存在密切的相关性;此外,还包括结、直肠癌的2个风险因素,即分化程度和性别。通过多因素Cox回归,我们发现了METTL5的高、低表达水平是一个潜在的可以独立预测胃癌患者预后的风险因素(p<0.05)。并且,胃癌患者中METTL5高表达组的预后更好。基于METTL5高、低表达水平所构建的,可以评估胃癌患者预后的临床预后模型,可以很好地预测胃癌患者的生存时间和生存状态。而METTL5在RNA和蛋白方面的表达水平均与结、直肠癌患者的预后无关。GSEA富集分析显示,在胃癌中,METTL5低表达组主要富集于一些致癌信号通路如ERBB、MAPK、JAK-STAT、Wnt、m TOR,以及一些免疫信号通路,如Fc-γR介导的吞噬、Fc-epsilon Ri、趋化因子、T细胞受体和B细胞受体信号通路。METTL5的高表达组主要与氧化磷酸化、核苷酸切除修复和错配修复相关。在结、直肠癌中,我们发现METTL5的高表达组主要富集在以下途径,包括RNA降解、基础转录因子、剪接体、蛋白输出、核苷酸切除修复。而METTL5的低表达组主要富集于一些代谢和免疫通路途径,包括补体系统、二型糖尿病、钙信号通路、醛固酮调节钠重吸收和FcγR介导吞噬作用。在直肠癌中,METTL5的低表达组主要富集于代谢相关通路,包括:糖胺聚糖降解、青年成熟型糖尿病、ABC转运体和花生四烯酸代谢。结论:METTL5蛋白在胃癌组织、胃癌癌旁肠化生组织和胃癌癌旁正常组织中的表达量依次增加。METTL5无论是RNA还是蛋白水平,在结、直肠癌组织中的表达量都明显高于癌旁结、直肠组织。METTL5蛋白表达量的高低可能成为一个潜在的胃癌患者的预后生物标志物。
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