自然界中的动物群体通常因为人为的、生态的和环境等因素的影响而分成几个小(亚)群体。这些亚群体之间常常存在着行为和生态学上的差异。在保护生物学领域，濒危物种常常也形成小(亚)群体格局，各小群体遗传结构以及各群体间基因流水平成为保护生物学研究的热点内容，进而使保持小群体遗传变异成为濒危物种保护策略实施过程的一个中心议题。开展这样内容的研究一方面提供了衡量濒危物种群体遗传变异水平的重要参数；另一方面也可揭示已有和现有保护措施的可行性和有效性。本研究以分布于扎龙自然保护区丹顶鹤(GrusJaponensis)野生、散养和圈养小群体为模型，应用六个微卫星分子标记位点来分析其遗传结构及基因流水平。结果表明：(1)扎龙自然保护区野生、散养和圈养三个丹顶鹤亚群体间遗传分化水平不显著(至少P＞0.053)；(2)F统计和Neis基因多样性估计表明90％以上的遗传多样性存在于各亚群体内，很少比例的基因多样性存在于亚群体间；(3)野生与散养丹顶鹤亚群体间基因流水平，为每代1-1.9个个体，这种高基因流水平可能源于拣卵人工孵化和散养个体重引入；(4)本研究获得的6个基因座位的复等位基因数据可用于扎龙自然保护区人工散养丹顶鹤亚群体分子档案的建立，对于扎龙自然保护区丹顶鹤人工散养群体的繁育计划和管理将提供重要的群体遗传学数据。