短尾类是十足目中最具有多样化的类群,而短尾类的系统演化问题也一直是学术界争论的焦点。自Guinot(1977,1978)提出短尾类的分类系统后,短尾类系统发生的争议便主要集中在短尾类内部肢孔类是否为单系性以及真蟹类内部的系统发生关系。随着研究的不断深入,有关肢孔类的争议已趋于明朗,但在真蟹类内部,无论是分类阶元较高还是较低的系统发生关系都饱受争议。本研究测定短尾类内部沙蟹总科的代表物种谭氏泥蟹(Ilyoplax deschampsi)的线粒体全基因组,并结合本实验组已测定的溪蟹类代表物种长江华溪蟹(Sinopotamon yangtsekiense)线粒体基因组近全长序列,以及GenBank上已发表的其他短尾类基因组全序列探讨短尾类的系统发生。结果显示,在胸孔类内部呈(Ocypodoidea +Varunidae)+Grapsidae的系统关系,提示方蟹总科非单系发生；另外,溪蟹科与胸孔类的代表类群(方蟹科和沙蟹科)互为姐妹群关系,提示异孔类同样非单系发生。本研究对短尾类的谱系年代分析结果,支持后冈瓦纳假说。分析推测,溪蟹类与胸孔类具有共同的海洋祖先,并在白垩纪发生分歧,向着两个方向独立演化,一支形成现在的胸孔类,一支则在第三纪时分歧演化为现在的溪蟹类,我们认为,第三纪的海侵海退等地质事件在现代溪蟹类的形成中起了一定的作用。