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新城疫(Newcastledisease,ND)是由新城疫病毒(Newcastlediseasevirus,NDV)强毒引起的一种禽的急性、高度接触性传染病。ND传播迅速,死亡率高,给养禽业造成巨大的经济损失。因此,有必要针对我国近年来流行的新城疫病毒进行基因组扩增和遗传进化分析,在深入分析其分子特征的基础上建立一种快速、灵敏、高效的特异性诊断和检测方法。 为分析近年来我国新城疫强毒的感染情况,自2014-2017年在国内部分地区开展了新城疫监测计划,从部分地区活禽市场成功分离到60株新城疫强毒株。根据其分离的时间、地理、宿主分布的差异性选取了15株代表性强毒株,并对病毒的基因组进行了测序和遗传进化分析。15株代表强毒株的基因组长度均为15192bp,基因的排列顺序为3’-NP-P-M-F-HN-L-5’。病毒分离株F蛋白裂解位点为112R-R-Q(R)-K-R-F117,具有新城疫病毒强毒株典型的分子特征。遗传进化分析结果显示15株病毒均属于ClassII,其中10株为VIb亚型,VIIb和VIId亚型各1株,VIIh亚型有3株。表明我国目前流行新城疫病毒的优势基因型以VI和VII型为主,其中在我国鸡群中流行毒株为基因VII型,而VI型是近年来在我国鸽群流行的主要优势基因型。 基于新城疫强毒F蛋白裂解位点分子特征设计特异性引物及Taqman探针,建立了一种检测新城疫强毒的一步法实时荧光定量RT-PCR。通过体外转录法制备的cRNA标准品作为阳性模板绘制标准曲线以及临床样品的检测绘制出ROC曲线,完成各项诊断指标的评价。结果显示:该方法的标准曲线为Y=-3.390X+38.23,相关系数R2为0.9999。灵敏度试验显示,该方法可以检测出模板最低浓度为2copies/uL,比常规RT-PCR高10倍。特异性试验显示该方法具有良好的特异性,与常见禽病病毒无交叉反应。重复性试验的组内和组间的变异系数分别低于1%和1.5%。通过检测1974份临床样品绘制ROC曲线显示,ROC曲线下面积为0.9861,当YoudenIndex为93.12时,cutoff值设为35,诊断的敏感性和特异性分别为94.82%、98.3%,与病毒分离方法的Kappa系数为0.919。以上结果表明,本研究建立的方法敏感性高、特异性强、重复性好、诊断准确性极好,给实验室提供一种快速、实用的检测临床样品的方法。