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随着加州鲈鱼在我国养殖规模的扩大,诺卡氏菌病害时有发生,导致渔民经济损失惨重。芽孢杆菌营养需求简单,抗逆性强,并能分泌多种抑菌物质,对于鱼类病害具有良好防治效果,因此芽孢杆菌作为一种优良的益生菌菌种广泛应用于渔业养殖中。本文从淮安市水产养殖基地挑选自然发病的病鱼,从病鱼的病灶处分离出疑似致病菌,对疑似致病菌进行形态观察,生理生化实验,大分子物质代谢实验和药敏试验。最后提取其基因组DNA,对其16S rDNA进行PCR扩增,通过生物信息学分析,绘制系统发育树,推测其为鰤鱼诺卡氏菌(Nocardia seriolae)。从淮安市水产养殖基地采集土样,分离筛选得到芽孢杆菌86株。以筛选得到的鰤鱼诺卡氏菌为指示菌,分离的芽孢杆菌为供试菌,采用牛津杯法筛选出对鰤鱼诺卡氏菌具有良好拮抗效果的菌株JCL16。通过单因素试验优化其摇瓶发酵条件,得出最优条件为装液量16%,接种量8%,pH 7.0,培养温度36℃,摇床转速250 rpm,优化后发酵液清液的抑菌圈直径由平均15.5 mm提高到了18.5 mm,为活体防治实验奠定基础。从基因组概况、基因组组分、基因功能注释三方面进行全基因组分析,重点分析其次生代谢产物基因,绘制次生代谢基因圈图,为后续挖掘更多有特殊功能的编码基因、分泌蛋白和次级代谢产物,以及构建基因工程菌株等研究及应用打下基础。枯草芽孢杆菌JCL16基因组经过组装和整合优化后测序,其总长度为4101682 bp,GC%含量为44.52,经预测有4166个基因,平均基因长度867.79,基因总长度3615213 bp,占基因组全长的88.14%。对JCL16的次级代谢产物预测,得到11个基因簇,涉及到聚酮合酶,非核糖体肽合成酶,萜烯类等多种次级代谢产物。根据次级代谢产物预测结果,通过高效液相色谱和质谱检测,鉴定其中典型次级代谢产物表面活性素和泛革素。以枯草芽孢杆菌JCL16对加州鲈鱼进行鰤鱼诺卡氏菌活体防治实验。未添加枯草芽孢杆菌JCL16的感染组在第16天全部死亡,添加了枯草芽孢杆菌JCL16的实验组死亡率仅为40%,且实验组发病速度远慢于感染组,说明枯草芽孢杆菌JCL16对加州鲈鱼的鰤鱼诺卡氏菌病害有良好的拮抗效果,具有广阔的应用前景。