在我国，高校可以支配的资源呈现出多样化趋势。随着国家财政对高校的投入逐年增多，资金使用效率日益引发关注，高校总经费短缺与经费使用效率低的现象同时存在。在中国高等教育迅速发展的阶段，需要多元化的绩效审计来考核高校各项活动的成果，单一财务审计的传统模式已不能满足需求。为促进高校提升其对资源的利用率，增加使用效益，高校应当开展绩效审计，对其活动成果进行全面考核。目前，高等学校绩效审计工作已经从无到有，但仍存在一些不足。我国有关高校绩效审计的研究目前仍主要停留在理论层面的探讨与分析，缺乏可操做性强的高校绩效审计评价体系以及适合高校的绩效审计量化分析方法，使得高校开展绩效审计工作缺乏客观性和公正性，而且审计的工作效率低下，严重制约了高校绩效审计工作的开展。本文旨在对上述问题进行探索，设计一套对高校绩效审计既有适用性又具可操作性的评价体系，同时引入量化分析法，通过实证检验所设计评价体系的实用性。本文首先概述了高校绩效审计的基本理论，论述了我国高校绩效审计的现状及存在的问题。然后探讨高校绩效审计评价指标的选择及体系构建，由于既要开展教学和科研活动，又要做好后勤保障，高校活动具有显著的多样性特征。对高校绩效进行审计时需要从多角度、多层次展开。基于经济、效率和效果三个基本维度，本文构建了相应的评价指标体系，具体包括十个二级指标和二十二个细分指标。在此基础上，文章以D高校为例，运用层次分析法确定各层次的权重值，并利用专家打分法，按照“优、良、中、差”4个档次给出D高校的评价矩阵，运用基于模糊数学方法构建的多层次模糊综合评价模型，得出D高校的综合评价结果。通过运用该评价指标体系对实例进行分析，验证了审计模型具有较强的适用性和可操作性，能够实现对高校教育投入进行审计的目标。