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采用随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA)分子标记技术，对内蒙古开鲁县种植的30个国内外干用辣椒品种进行遗传多样性鉴定研究，分析这些品种之间的亲缘关系，进行种质资源遗传多样性分析和杂交种纯度鉴定，旨在为种质资源鉴定和杂交育种提供一定理论依据。本研究结果如下：
1.建立了干用辣椒RAPD分析的技术体系：引物0.8μmol/L、dNTPs0.6mmol/L、MgC122.5mmol/L、1.5UTaq聚合酶、60ngDNA模板为干用辣椒品种RAPD反应的最佳配比。反应程序为：94℃预变性4min，94℃变性1min，36℃退火1min，72℃延伸2min，共40个循环，最后72℃延伸5min。
2.从200个随机引物中筛选出25个引物，共扩增出257条谱带，其中多态性谱带167条，多态性程度为64.98％。每个引物可以扩增出2~12条多态性谱带，平均每个引物产生6.68条，谱带大小为230bp~200bp。D=0.51时，聚类分析将供试材料分为6类，各个基因型间的遗传距离系数分布在0.16667~0.85219之间，平均遗传距离为0.39295。干红8号和干红的遗传距离最小为0.16667，两者遗传基础相似，它们的亲缘关系较近，并且这两个品种田间表现也十分相似。朝天椒和美国铁皮椒遗传距离为0.85219，它们的亲缘关系较远。从田间栽培上观察，美国铁皮椒椒型大，果皮厚，单果重远大于其它品种，但整株结果较其它品种少；朝天椒果实较小，椒型整齐，果皮颜色鲜红，整株结果密度大，是当地推广的主要品种之一。
3.筛选出应用于干用辣椒种子纯度鉴定的引物和建立了杂交种子的RAPD指纹图谱。从25条引物中筛选出了用于干用辣椒种子纯度鉴定的引物5条：其中包括偏父型引物S290、偏母型引物S2069、互补型引物S8、特异型引物S1120及缺失型引物S5。利用互补型引物S8鉴定干用辣椒杂交种纯度，其结果是50粒供试种子中有2粒其它种子混杂，从而获得该种子纯度为96％。