云南特殊的地缘政治状况是边疆问题生成的潜在诱因。从地理位置上看,云南边疆一方面位于祖国边缘地带,远离我国经济发展中心,因此边疆地区往往表现出深度贫困,另一方面云南边疆邻近国界线,靠近金三角,“东线”、“西线”两条毒品输入路线均经过云南,这种特殊的位置为跨国犯罪提供了地理上的便利;从地形地貌上看,云南边疆少数民族地区多高山深谷,交通不便,严重限制了经济发展,同时又表现出与境外山水相连、通道众多的特性,使边疆地区难以管控,为跨国犯罪提供了契机。社会转型是云南边疆问题生成的“催化剂”。转型期是社会问题的多发期,从新中国成立伊始,云南边疆社会就经历了转型,特别是改革开放时期,边疆社会更是经历了从传统社会甚至是原始社会向现代社会主义市场经济的直接过渡。这一历史性过渡给边疆群众带来巨大的利益,但是也使各种问题集中爆发出来。社会转型破除了传统边疆的政治权力,传统边疆政治权力是建立在神权的基础上的,并且经历了上千年的发展过程,在边疆地区是具有合法性的,同时对边疆稳定具有强有力的控制能力。破除传统政治权力以后,新的政治权力构建需要一个长期的过程,因此不免导致边疆社会的失序。同时,市场经济使边疆逐利思想兴起,特别是在跨界民族地区,跨界民族的认同选择本身就是多元的,国家认同越来越多地体现在国家对其个人利益的实现与否上。民族政策的政治化取向是边疆问题生成的内在动因。新中国成立后,借鉴苏联处理民族关系的经验,以斯大林民族理论为指导,我国在云南边疆地区进行民族识别,给每一个少数民族以民族身份,并通过政治和法律的手段将民族身份固定下来。在此基础上,在边疆少数民族聚居地区建立民族区域自治制度,给予少数民族政治、税收、文化教育和经济扶持方面的政策优惠。这些处理民族关系的方式一方面促进了边疆少数民族地区的社会经济发展,但是不可否认的是,这些方式也唤醒了边疆群众的民族意识,体现出了“我族”与“他族”的不同,使“中华民族”这一民族实体虚化,同时,在西方民族主义思潮的影响下,这一问题也容易被敌对分裂分子利用,在边疆吹嘘民族自决,破坏边疆政治稳定。