中国幅员辽阔，河流湖泊众多，形成了七大流域。流域水资源作为一个整体概念有着自己独特的特征。流域水资源造福了千千万万的中华儿女，但也承受着巨大的危机。因为特有的流动性和极强的关联性，一旦流域水资源遭受污染，必将带来跨界水污染治理的难题。跨界水污染不只是全球共同面临的问题,更是我国当前必须解决的问题。跨界水污染治理因为需要由流域内的多个地方政府协调完成而带来了极大的难度，传统的基于行政区划的治理根本无法完成衔接与配合。因此我们迫切需要就跨界水污染治理问题进行法律、制度、经济层面的研究与完善，使得各地方政府、各社会成员组织协调共同完成对跨界水污染的治理。从实践来看，一旦流域上游水资源受到污染，如果不能及时有效地处理，会迅速波及整个流域。仅仅依靠污染源所在地政府的治理，或是由受波及地政府各自独立解决是很难达到较好的治污效果，甚至会出现各地政府推卸责任及各行政区矛盾增加等问题，要想使跨界水污染治理避免“公地悲剧”，必须建立一种有利于各地政府各尽其责，相互配合的治理模式。本文在对我国跨界水污染现状具体的数据分析基础上，明确了我国水资源管理面临严峻考验，跨界水污染治理刻不容缓。通过对我国跨界水污染治理传统模式的分析，总结得到我国跨界水污染治理传统模式治理难的原因：相关法律体系不健全、有关行政体制不协调、经济保障措施不完善。在分析国外跨界水污染治理成功经验的基础上，结合我国特殊的国情，在法律、体制、经济三个层面提出了有针对性的治理对策，希望能探索具有中国特色的跨界水污染治理模式：完善水资源管理法律体系，配套相关法规并能保证法律的贯彻执行；统一管理体制，完善政府间协调机制，广泛吸收社会因素；加大财政投入，合理布局规划，完善生态补偿机制。