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微卫星/SSRs是植物种质资源分析常用的分子标记。本研究基于实验室前期早实枳转录组测序结果,对早实枳基因可转录区开发SSR分子标记,同时对18份柑橘不同类型进行了标记通用性检测和遗传多样性分析,并对早实枳种质资源圃内材料进行了鉴定。主要结果如下：(1)早实枳转录组SSR分子标记的开发。通过对早实枳转录组测序结果的分析,获得了早实枳32580条转录组序列,总长度50MB,平均长度1707bp,单条序列长度99bp-14710bp。并利用MISA本地分析软件对所有序列进行SSRs搜索,共搜索到6334条序列包含8756个SSRs。其中,三核苷酸重复类型数量最多,占36.1%,其次为二核苷酸重复(27.0%)和六核苷酸重复(15%)。(2)包含SSRs的早实枳转录本的生物信息学注释。首先,通过BLAST方法,对含有SSR的6229个转录本序列进行蛋白质同源性比对(NCBI数据库),5379条(84.9%)序列能够匹配到已知同源蛋白。GO注释分析发现,含SSRs的大部分基因涉及细胞生理过程和代谢过程,其行使的分子功能以结合活性为主(46%),其次为催化活性。而细胞组份分类中最主要为细胞核(39%),其次细胞器(29%)和膜(18%)。另外,对于生物学注释有显著差异的表达基因使用了KEGG (途径)做进一步分析。(3)从开发的8756个SSRs,随机设计了29对引物,能在早实枳中准确扩增的有27对(93.1%)。选择27对引物对芸香科18个不同柑橘品种进行标记通用性性和遗传多样性分析,整体通用性为85%；遗传多样性分析将18份材料聚类到三个大的分支。(4)早实枳种质资源圃材料的鉴定。从随机设计的29对SSR标记标记中选取9对多态性比较好的SSR引物对早实枳种质资源圃101份材料进行纯度和多样性鉴定,共鉴定出15份存在差异的植株。然后,对差异植株用播种方法对后代进一步作均一检测分析,证实15份差异植株遗传稳定。另外,在结合形态观察(树形、叶片大小和颜色,以及种子有无等生理指标),推测差异植株65号可能是一株新的早实枳变异材料。