自2012年1月1日起,增值税扩围改革在上海启动,这既是中国税制改革的一小步,同时也是一大步,对交通运输业,尤其对正处于水深火热之中的水路运输企业,具有重要意义。本文在比较水路运输企业增值税扩围改革前后税制要素、过渡时期政策、零税率等税收优惠政策、地方性政策法规后,从理论分析和实证分析两个角度分析改革对我国水路运输企业发展的影响。在理论分析方面,本文采用因素分析的方法探究了增值税扩围改革对水路运输企业税负、效益、现金流、财务报表、经营决策等方面的影响,发现营业收入、毛利润率、营业成本中可抵扣项目的比重、船舶设备购置等是关键影响因素。在实证分析方面,本文通过对水路运输业沪深上市公司2010-2013年的数据测算分析后发现部分企业在增值税扩围改革中有所获益。论文最后的政策建议从政府和企业两个层面出发,一方面,希望政府加快改革进程,力争进一步消除重复征税,并给予水路运输企业适当税收优惠政策,以鼓励并购重组,整合产业;另一方面,希望企业能巧妙选择增值税专用发票认证抵扣时机,加强成本管理,强强联手,建立战略合作伙伴关系,共同走出困境。