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背景:鲤鱼是世界上最重要的硬骨鱼类之一,鲤科鱼类的产量超过了世界水产品总量的30%。但是,鲤鱼的基因组资源开发还相对不够完善。BAC双末端序列(BES)可以为基因组研究提供重要资源,包括定位于BAC上的遗传标记开发、遗传连锁图谱与物理图谱的整合和全基因组序列的装配。结果:本研究以CopyControl pCC1BAC为载体成功构建了鲤鱼基因组BAC文库,共包含92,160个BAC克隆,平均插入片段为141Kb,覆盖单倍体基因组7.7倍。利用18,432个克隆构建了鲤鱼BAC文库三维混合池及超级池,并对14个目标序列找到了23个阳性克隆。本研究对40,224个BAC克隆进行了双末端测序,经过序列分析后共得到65,720条长度均超过50bp的BES,平均长度为647bp,共计42,522,168bp,约占鲤鱼基因组的2.5%。本研究利用多种生物信息学工具第一次对鲤鱼基因组进行了调查,结果显示鲤鱼基因组包含超过17.3%的重复序列和518个转座子ORFs;在10,355条BES中共找到13,581个微卫星标记;7,453个BAC克隆的9,433条BES上找到了7,127个基因的编码区域,其中双末端序列都有基因区域的克隆有1,990个。为了评估鲤鱼与其近缘物种斑马鱼基因组的相似度,本研究利用鲤鱼的BES与斑马鱼的基因组进行了比对,结果显示鲤鱼的39,335条BES含有斑马鱼的保守同源序列,这表明了斑马鱼和鲤鱼基因组序列的高度相似性,一旦鲤鱼的物理图谱构建完成,鲤鱼和斑马鱼之间的比较基因组作图也是十分可行的。结论:BAC双末端序列为第一次鲤鱼基因组研究提供了重要资源。本研究评估了鲤鱼基因组中的重复序列大约占28%,这表明该基因组是高度复杂的。通过鲤鱼BES与斑马鱼的基因组比较分析,大约40,000条BES能够定位到斑马鱼的基因组上,并且建立了3100多个微共线区,覆盖度超过斑马鱼基因组的50%。鲤鱼的BES是这两个近缘物种斑马鱼和鲤鱼进行比较作图强有力的工具,而且也为鲤鱼结构基因组学和功能基因组学分析提供重要资源。