稻瘟病是目前影响水稻高产、稳产最关键的因素之一。本试验设计9个稻瘟菌毒性相关基因的特异性引物，通过PCR扩增分析了单孢分离培养的不同地理来源的44个菌株，获得了其指纹图谱；利用18个LTH单基因鉴别寄主鉴定了其中31个菌株的致病型；研究了指纹图谱与致病型之间的关系，为研究稻瘟病致病型群体结构及变化规律、阐明稻瘟菌遗传宗谱与致病型之间的关系打下基础，并为水稻抗稻瘟病育种提供科学依据。主要研究结果如下：1．九对毒性相关基因的特异性引物在大部分菌株中扩增得到一条与理论长度接近的特异性扩增片段，部分菌株未产生条带。根据无毒基因划分的指纹类型为8种，根据致病基因划分的指纹类型为6种。54.5％菌株能扩增到所有特异性片断。2．用SPSS11.5聚类分析，根据31个菌株在18个丽江新团黑谷近等基因系上的抗感反应，在Lable Number 10的位置，将菌株分为7种致病类型，其中有20个菌株属于H1型，占供试菌株的64.5％，其余菌株分属H2～H7类型。3．据本研究结果，通过毒性相关基因的特异性引物划分出的指纹类型与用菌株在丽江新团黑谷近等基因系上的抗感反应划分出的致病型之间不存在明显对应关系。4．选取Avr-pita，PWL2，PWL3，MPG1四个毒性相关基因的特异引物，以8号菌株基因组DNA为模板进行PCR扩增，并对扩增出的特异性条带进行测序和氨基酸结构分析表明：与PWL2原始片断相比，测序片断在857位发生了G→A的单碱基突变，从而导致氨基酸在第91位发生了由D→N的变化；与PWL3原始片断相比，测序片断在315bp位发生C→T的单碱基突变，从而导致氨基酸在第11位发生由T→I的变化；MPG1与原始片断一致；Avr-pita片断共有11处碱基发生改变，从而导致编码的氨基酸发生6处改变，其中一处为三个连续碱基的插入突变。