处于经济转型时期的中国,如何实现经济快速、持续、健康的发展是一项艰巨的任务。作为经济增长的内在动力,自主创新已引起中国政府的高度重视,自主创新在促进经济增长中表现出来的重要作用,直接促进政府增加对自主创新支持与投入力度。自主创新是建立创新型国家的必要条件而非充分条件,不仅要注重创新资源总量的投入,更要注重创新资源的配置效率问题。本文在借鉴相关研究的基础之上,对区域自主创新相关理论、模型、评价方法进行比较分析。就自主创新活动的阶段性特征,提出评价区域自主创新效率的方法和评价体系。以我国安徽省为例,利用2000-2010年安徽省区域自主创新的相关数据,运用DEA方法,对安徽省自主创新过程中的各阶段：知识创新阶段、技术开发阶段、设计制造阶段以及市场实现阶段的效率进行评价和分析。研究结果表示：安徽省自主创新过程中知识创新活动处于规模收益递增阶段或不变状态和技术效率较佳状态,继续增加知识创新阶段的资源投入依然是合理的；技术开发阶段已出现规模收益递减趋势技术效率也出现递减现象,此时应该合理规划创新资源的分配,提高创新资源使用效率；设计制造阶段规模效率和技术效率都经历的严重的无效率状况之后略有回升,所以应该注重效率的保持,而市场实现阶段除了2008年出现了大幅度的下跌之外,其他年份均呈现缓慢上涨趋势。最后,本文认为创造良好环境以吸引优秀创新人员的到来,发挥创新人才对知识创新活动的推动力；提高技术贸易服务的管理、规范技术交易活动、提高技术转让效率很重要。同时提出调整科技创新资源的投入结构,提高新产品开发费用的投入比例,鼓励企业加大对新产品开发费用的投入,提高设计制造阶段的效率等政策建议,以提高安徽省自主创新效率。