随着蛋白质序列数据的不断增加,蛋白质分析模型愈来愈显得重要。蛋白质序列图形表示具有可视性、易于数值刻画等优点,在蛋白质序列分析研究中越来越受到关注。本文基于氨基酸三种理化性质给出一种新的无退化的三维蛋白序列图形表示方法：Gs图形表示法。利用Gs图形表示法的数值刻画,本文构造了九个物种的ND5蛋白的进化树。通过与ClustalW的结果对比说明此方法是一种有效的蛋白质序列比较方法。最后,用该方法分析和推测了H7N9病毒的进化路径。目前,由于试验中膜蛋白的晶体结构难以获得,因此膜蛋白空间结构的预测对膜蛋白功能的研究具有重要意义。本文首先利用主成分分析研究氨基酸理化性质,将每个膜蛋白序列转化为一个数值矩阵,利用奇异值分解方法将其进一步转化为一个向量。利用人工神经网络提取膜蛋白序列跨膜区的数值特征,应用支持向量机得到膜蛋白序列跨膜区的预测概率,最后结合跨膜区疏水性特征和等电点波动规则建立预测模型。与Tmpred方法和ALOM方法的预测结果进行比较,结果说明本文的方法具有很好的预测效果。