中国与日本依水相邻,且是世界上最大的两个水产品出产国和贸易国,两国水产品产业内贸易发展对全球水产品贸易发展具有重要影响。中日水产品产业内贸易发展经历了缓慢发展、稳步发展、波动徘徊和逐步缩减四个阶段,发展中主要存在食品健康问题引发贸易摩擦、中国出口面临激烈国际竞争等问题。以2001-2013年中日历年水产品贸易数据为基础,以海关HS编码为分类依据,运用G-L指数法、GHM法分别对中日水产品产业内贸易水平进行测算,并判定产业内贸易类型,结果表明：中日两国水产品产业内贸易大体处于逐年递增的现状,HS分类中0303项冻鱼存在明显的产业内贸易,但基于水产品贸易价格评估得出中日水产品产业内贸易具有明显的垂直型特征。当前中日水产品产业内贸易的主要影响因素包括中日经济规模差距、人均收入水平差距、对外开放程度以及外商直接投资。以历年中日水产品贸易面板数据为基础,构建产业内贸易影响因素回归模型,采用普通面板数据回归和面板门槛模型回归相结合进行实证研究。结果发现,经济规模差距对产业内贸易具有正向的影响效果,人均收入水平差距在以经济规模差距为门槛变量形成的两个机制区间中表现出了相反的作用效果,具体而言,在经济规模差距相对较大时,人均收入水平差距增大,水产品产业内贸易水平出现小幅降低；在经济规模差距相对较小时,随着中日两国居民人均收入水平差距拉大,水产品产业内贸易水平具有上升的趋势。开放程度决定了两国开展水产品贸易的便利性,较高的开放程度会有效促进中日水产品产业内贸易,而外商直接投资则对中日间水产品直接进出口产生明显替代作用,削弱了中日水产品产业内贸易。促进中日水产品产业内贸易发展的对策建议包括国家、产业和企业三个层面。在国家战略层面,要保持国民经济持续快速发展,逐步改善国民生活质量和消费结构,深化中日韩自贸区合作；在产业策略层面,要形成水产品产业集群,发展规模经济,提高水产品自身和加工流程中的科技含量,同时附以积极的营销措施,加大日本市场开发力度；在企业措施层面,要注重产品知名度提升,促进水产相关企业的合作与资源共享,开展水产品深加工,提高我国水产品国际竞争力。