良好的治理结构对于解决成员异质性农民专业合作社治理问题，促进合作社持续发展大有裨益。从当前我国合作社的治理实践来看，契约治理和关系治理交叉发生作用，治理结构受成员异质性影响十分显著，这已经引起了一部分学者的关注。但已有研究大多没有同时关注成员异质性合作社的契约治理和关系治理，并且更多关注静态层面的合作社治理结构。本文采用案例研究方法，分析成员异质性合作社治理结构的形成、运行机制，并重点关注在合作社的不同发展阶段，契约治理和关系治理之间的相互作用。　　研究结果表明，由资源禀赋差异和资源投入差异产生的成员异质性，是决定合作社制度安排的根本因素，其他影响因素还包括法律法规等。合作社契约治理以制度安排为依托，在运行中遵循如下规律:核心成员占据合作社的剩余控制权和剩余索取权，以此控制合作社的运行，决定合作社的利益分配。关系治理对合作社的成长至关重要，是合作社成立初期建立信任，抵消由不确定性和资源专用性带来的风险的有效措施。在成员异质性合作社中，信任、互惠与交易灵活性、声誉机制与有效沟通等是有效的关系治理机制，其中信任是关系治理的基础，其他关系治理机制的最终目的是建立和维护信任。　　在合作社发展的不同阶段，契约治理和关系治理呈现不同的关系:在合作社成立初期，与契约治理相比，关系治理占据优势地位;在合作社的快速发展期，契约治理得到强化，与关系治理呈现双强关系。最后，本文将研究中形成的七个理论命题归纳在一起，形成了经验概括。