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利用垂直平板聚丙烯酰胺凝胶电泳法对坛紫菜、半叶紫菜、少精紫菜、五个条斑紫菜栽培品系共8个样品的自由丝状体进行MDH、ME、LDH、GDH、IDH、G-6-PDH共6种同工酶的比较研究。结果表明:8个样品的6种同工酶谱共显现出58个酶带,4种紫菜平均多态性位点比例为0.655,条斑紫菜五个品系间多态性位点比例为0.586;每一种酶系统对无论是不同种间还是种内的各个品系都能够进行区分。经PHILIP软件计算遗传相似性系数:条斑紫菜5个样品平均相似性系数为0.7528,条斑紫菜与6号半叶紫菜、7号少精紫菜、8号坛紫菜的平均相似性系数分为0.7199、0.7681和0.7598。依据遗传距离进行聚类分析,可把供试的8个样品分为两大类,条斑紫菜5个品系中4个和半叶紫菜聚在一起;少精紫菜与条斑紫菜Y-9308,坛紫菜归为一组。 用CTAB法提取紫菜自由丝状体基因组DNA,经琼脂糖电泳检测大小约为23Kb,且重复性好,从每克丝状体中平均可获20ug左右的基因组DNA。DNA带型完整,没有降解,可成功应用于ISSR-PCR扩增。ISSR-PCR反应体系为:2.5μl PCR缓冲液,2.5mmol/L MgC12 1.5μl,dNTP(2.5mmol/L)2μl,0.2μmol/L ISSR引物,20ng模板DNA,1.5UDNA聚合酶。优化反应程序为:94℃预变性5min,然后进入PCR循环,即94℃变性45s,52℃退火45s,72℃延伸90s,共进行45个循环。最后72℃延伸10min。 从100个ISSR引物中筛选23个引物扩增217个DNA片段,其中201个片段呈现多态性,占总扩增片段的92.6%。每个引物可扩增的DNA带平均为9.34条,扩增的条带的大小在150bp-2500bp之间。依据扩增结果进行遗传相似性和遗传距离分析,构建分子树状图,结果与同工酶分析基本相符。条斑紫菜5品系中,采自南通海区的2个品系首先聚在一起,其遗传距离为0.3897;接着依次和来自青岛的2个野生品系聚类,那两个野生品系间的距离为0.4299;原种来自日本的样品与其他4个样品相距最远,平均遗传距离为0.4469。同时,8个紫菜样品的ISSR分析中产生了一些特有的指纹图谱,可进一步应用于种质分析的研究。