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以野外捕捉的黑线仓鼠为材料，从肝脏组织中提取基因组DNA，以pUC19质粒为载体构建小片段基因组文库，利用PCR法从中筛选微卫星座位。在PCR法筛选中使用由(CA)8/(GA)8寡核苷酸引物和pUC19质粒多克隆位点两侧的M13PrimersM3和RV引物分别配对组成。通过对经过鉴定的3000多个克隆的筛选，获得65个可能含有微卫星的重组阳性克隆。测定这65个阳性克隆的序列，其中27个克隆序列不含有明显的微卫星；在其他38个克隆中共得到60个微卫星序列。首次得到的60个黑线仓鼠微卫星序列在GenBank注册，序列号为DQ235662，DQ270160，DQ270163，DQ270166，DQ270170～DQ270172,DQ286857～DQ286860,DQ270173～DQ270177,DQ342058～DQ342061，DQ459486～DQ459503。在60个微卫星中完美型36个，占60％；非完美型6个，占10％；复合型18个，占30％。在复合型中，复合完美型5个，复合非完美型13个。利用BLAST序列分析软件对GenBank数据库进行检索，没有发现同源性一致的相应微卫星序列，表明本文得到的黑线仓鼠微卫星序列都是首次发现的。此外，黑线仓鼠微卫星的重复次数主要集中在20次以下，而20次以上的比较少见。
从这60个微卫星序列中选取重复区域长、侧翼序列好的座位使用Lasergene6.0和Primer5.0软件设计微卫星序列引物，并事先设计好相应的参数，共设计出9对不含茎环和二级结构的引物，长度在18bp左右。将9对引物进一步经过8％聚丙烯酰胺凝胶电泳检验筛选，共获得5对具有多态性的引物，用这5对引物对曲阜市吴村、房山土门，平邑县蒙山三地的黑线仓鼠种群进行遗传多样性分析，平邑蒙山种群遗传多样性最高。遗传遗传距离和聚类分析发现，曲阜吴村、房山土门两地种群的遗传距离相对较小，但是总体而言三个种群之间遗传差异较小。为进一步开展黑线仓鼠种群分子生态学等研究建立了微卫星分子标记，从而为黑线仓鼠及其近缘种群的分子生物学研究奠定了基础。