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微流控芯片技术,是当前微机电系统发展的热点领域之一。微流控芯片在生化分析、临床疾病诊断和环境检测等领域得到广泛应用,但其设计还主要依靠经验和多次反复设计,迫切需要研究微流控系统的设计方法和CAD工具。本文主要研究微流控系统计算机辅助设计方法,开发了一款具有系统仿真功能的微流控系统计算机辅助设计软件。本文还对微流控芯片结构参数优化问题进行研究,研究了芯片参数与DNA拉伸效果之间的关系;实现了对DNA分离微流控芯片结构参数的优化;开发了基于多核运算平台的并行算法,减少计算时间。