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为了查明不同污水处理系统中工艺类型和运行参数对病原菌去除效果的影响，本研究选取北京市四个典型的污水处理系统(A2/O工艺、氧化沟工艺、A/O工艺、SBR工艺)进行连续取样，并采用常规的污水水质监测技术与克隆文库测序分析、实时定量PCR等现代分子生物学技术相结合的方法，逐步揭示污水处理系统中病原菌的分布特征与变化趋势。研究内容包括四个典型城市污水处理厂病原菌情况调查以及其与相关水质参数的相关性研究、氧化沟处理工艺夏季病原菌的调查研究、A/O处理工艺中军团菌的多样性及优势菌种的调查，取得的主要研究成果如下： (1)在四个典型的城市污水处理厂中，大肠杆菌在所有的污水处理流程中都可以检出，其数值根据进水来源的不同而有所差异。检测结果表明：进水大肠杆菌浓度在105-108copies/ml之间，污泥样品大肠杆菌的浓度在104-106copies/ml之间，出水大肠杆菌的浓度在103-106copies/ml，平均去除效率为98.76％。结果显示：夏季的大肠杆菌浓度高于其它季节1个数量级左右，呈现一定的季节变化特征。沙门氏菌的数量较小，在16次检测中，有2次完全没有检出，其余样品中，沙门氏菌的进水浓度在100-1000copies/ml附近，随着后续的处理，出水浓度稍有减少，沙门氏菌在污泥样品中没有检出，说明沙门氏菌主要存在于上清溶液中，菌胶团对沙门氏菌的吸附作用不明显。军团菌的进水浓度在104-105copies/ml之间，并且在污水处理过程中，军团菌显示出较强的耐受性(环境适应性?)，出水浓度并没有明显减少，说明军团菌主要分布在活性污泥的上清液中，菌胶团对其吸附作用不显著。 回归分析表明，大肠杆菌对于水质参数有较高的相关性，相关系数R2在0.7左右，显示为指数相关或乘幂相关。沙门氏菌对于水质参数的相关性次之，R2在0.5左右。军团菌对于水质参数较不敏感，R2在0.2左右，相关性小。 (2)在病原菌浓度较高的夏季，对于污水处理效果较稳定的氧化沟工艺进行每周一次的(连续三周)调查取样。与其它处理工艺不同的是，军团菌16SrDNA基因在氧化沟活性污泥中检出量较小，大约是10-102copies/ml，但在出水样品中的数量与进水差别不大，在104-105copies/ml左右。 (3)A/O污水处理工艺存在一定量的军团菌，进水浓度在105copies/ml，出水浓度在104copies/ml，存在一定数量的消减。通过克隆文库显示，污水处理过程中存在以下几种致病的军团菌：L.pneumophila，L.anisa，L.longbeachae，L.fallonii，L.parisiensi，L.birminghamiensis。同时，军团菌的多样性在污水处理过程中，有一定的变化。进水的多样性较低，军团菌多以L.pneumophila为主。在后续的处理过程中，L.pneumophila逐渐减少，而其它种的军团菌增多，多样性也得到了增加。在出水中，L.ansia为优势菌种，军团菌多样性最为丰富。这说明人类活动对于污水中军团菌的存在产生了直接的影响。