苹果（Malus pumila Mill.）是蔷薇科（Rosaceae Juss.）苹果属（Malus Mill.）植物,是我国第一大落叶果树,种植面积与产量均超过世界总量的50%,位列世界第一。生产中苹果品种通过嫁接于砧木上提高抗性,我国对苹果砧木的研究与培育起步较晚,砧木可选择品种少,目前我国许多苹果产区尤其新疆受到盐碱干旱等环境制约严重,因此抗性砧木选育对苹果产业发展具重要意义。本研究以‘青砧1号’为母本,新疆野苹果为父本构建杂交群体,并对杂交后代进行盐胁迫后对其表型进行鉴定,进而使用转录组测序技术结合BSR技术筛选与苹果砧木耐盐相关基因,为分子手段辅助新品种砧木选育提供依据与参考。研究结果如下:（1）本实验以耐盐性中等的新疆野苹果（♂）为父本,耐盐性强半矮化的‘青砧1号’（♀）为母本,进行杂交授粉,果实成熟后获得150粒种子。由于‘青砧1号’存在无融合生殖现象,因此150粒种子中可能存在与母本‘青砧1号’基因型一致的无融合生殖后代和‘青砧1号’（♀）×新疆野苹果（♂）产生的杂交后代。150粒种子播种出苗后,使用CAPS标记技术,筛选其中的杂交后代。共设计30对CAPS引物,通过对亲本DNA的标记检测,筛选出6对可以在子代中鉴定杂交后代的CAPS标记,使用筛选出的6对CAPS标记,在150个子代中共筛选出‘青砧1号’（♀）×新疆野苹果（♂）75个杂交后代。（2）对‘青砧1号’（♀）×新疆野苹果（♂）砧木75株杂交后代以0.4%浓度的Na Cl单盐进行盐胁迫,胁迫40天后杂交后代群体对盐胁迫产生显著表型分离,根据杂交后代产生的不同盐害表型,对杂交群体内各单株受到的盐害程度进行评价分级,共分出6个等级,从0级（耐盐性极强）到5级（耐盐性极弱）单株数量分别占总数的11%、43%、8%、15%、11%、13%。依据杂交群体内个体的受盐害程度,可对该杂交群体进行盐害指数计算,计算结果表明该群体可划分为中等耐盐群体。（3）从胁迫后的杂交后代群体中分别选择18株相对耐盐个体与18株相对不耐盐个体构建两个混池,经转录组测序得到显著差异表达基因778个,对差异基因进行GO功能注释发现差异基因大部分富集在生物学过程和分子功能中,剩下极少部分富集在细胞组分中,其中主要富集功能为胁迫响应,该功能在盐胁迫中具有重要意义。对差异基因进行KEGG注释,主要富集的通路为代谢通路,次生代谢产物生成等通路,这几种通路为非生物胁迫下富集较为显著的通路。对差异基因的表达量与功能注释进一步分析后,筛选出部分可能与耐盐相关的基因。其中MD07G1173900、MD15G1283200、MD15G1303500、MD13G1237300、MD16G1267200等基因在拟南芥中相匹配的同源基因在多个研究中证实可能与耐盐相关,剩余基因则需要进一步试验验证。（4）利用BSR技术对转录组测序所得数据与参考基因组比对SNP在基因组分布情况,通过G’值法校准,在Chr05、Chr07、Chr10、Chr11、Chr13、Chr16这六个染色体上定位到了8个QTL区间,共存在58979个SNP,42个显著差异表达基因。42个差异基因中有28个基因既可以在拟南芥数据库中匹配到同源基因,又可以进行功能注释。剩余14个则未能在拟南芥数据库中匹配到同源基因且无法进行功能注释。对可注释功能的28个基因进一步分析发现MD10G1338600、MD11G1303100、MD11G1287900、MD16G1010900等基因在拟南芥中的同源基因,已被报道可能为耐盐相关基因,其余基因则需进一步试验验证。