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文昌鱼（Branchiostoma）是研究脊椎动物起源和进化的模式动物,具有极高的科研价值。此外,文昌鱼还具有很高的营养价值。厦门刘五店曾因是世界上唯一的文昌鱼渔场而驰名中外,但由于生境破坏和过度捕捞等原因,文昌鱼资源量急剧下降,已被列为国家二级保护动物。本研究运用微卫星分子标记、AFLP分子标记技术及线粒体DNA COI基因标记技术对濒危物种文昌鱼的青岛、厦门和北海三个群体的遗传多样性和遗传分化进行了研究,以期提供文昌鱼相关遗传背景知识,进一步完善文昌鱼保护遗传学方面的研究,为文昌鱼保护策略的制定提供理论依据。（1）采用FIASCO法,利用生物素标记的（GT）15、（CT）15混合寡核苷酸探针从文昌鱼的基因组DNA的MboI酶切片段中筛选出微卫星序列,最终获得了12个具有多态性的微卫星位点。其中每个位点的等位基因数（Na）为3-7个,多态信息含量（PIC）为0.309-0.778,观察杂合度（Ho）为0.1786-0.8571,期望杂合度（He）为0.2449-0.7825。多态性分析结果显示,位点均表现出中高度多态性,因此,这12个位点能够较好的提供文昌鱼的遗传信息,适合进行种群遗传学研究。（2）利用本实验室筛选出来的引物中的10对微卫星引物对青岛、厦门、北海3个文昌鱼群体的遗传多样性及遗传分化进行研究。文昌鱼3个群体平均每位点等位基因数（A）在3.3000-4.5000之间,平均为3.8667;平均每位点有效等位基因数（Ae）在2.6731-3.3584之间,平均为3.0249;观察杂合度（Ho）在0.3087-0.5052之间,平均为0.4243;期望杂合度（He）在0.3528-0.5218之间,平均为0.4394。文昌鱼3个群体遗传多样性均处于中等水平。文昌鱼3个群体遗传分化系数(FST)在0.0352-0.1100之间,文昌鱼3个群体遗传距离（D）在0.0768-03517之间,基因流（Nm）在2.0222-6.8522之间。运用UPGMA类聚分析,结果显示厦门群体和北海群体聚为一支,再与青岛群体聚为一支。（3）基于AFLP分子标记技术对青岛、厦门、北海3个文昌鱼群体遗传多样性及遗传分化进行研究,结果表明,3个文昌鱼群体平均每位点等位基因数（A）为1.8571-1.9523,平均为1.9106;平均每位点有效等位基因数（Ae）为1.4760-1.5620,平均为1.5112;多态位点比例（P）为85.71%-95.23%,平均为91.06%;Nei’s基因多样性指数（H）为0.2802-0.3361,平均为0.3033;Shannon氏指数（I）为0.4229-0.5082,平均为0.4589,文昌鱼3个群体遗传多样性处于较高水平。文昌鱼3个群体间的遗传距离（D）为0.0154-0.3435;遗传相似度（I）为0.7073-0.9856;遗传分化系数(GST)为0.0240-0.2686;基因流（Nm）为1.3615-10.3764;UPGMA聚类分析显示,结果显示厦门群体和北海群体聚为一支,再与青岛群体聚为一支。（4）分析mtDNA COI基因序列结果显示,在青岛、厦门、北海3个文昌鱼群体23个个体中,共发现96个变异位点,占513个分析位点数的5.34%,这其中包括3个碱基插入/缺失位点和93个多态位点。93个多态位点包含有8个单一变异位点以及85个简约信息位点,而这些突变位点一共定义了21种单倍型。23个文昌鱼个体的平均核苷酸差异数为44.087,核苷酸多样性指数为0.08611。在3个文昌鱼群体中,平均核苷酸差异数介于1.929-42.429之间,核苷酸多样性指数介于0.00520-0.08287之间。分析3个文昌鱼群体COI基因片段的遗传变异结果表明,3个文昌鱼群体遗传距离（D）为0.0172-0.1975,青岛群体与北海、厦门群体发生了显著的遗传分化,厦门群体与北海群体未出现显著遗传分化。Tajima’s D检验结果表明文昌鱼3个群体没有显著偏离中性进化;Fu’s Fs检验结果显示厦门文昌鱼群体未偏离中性平衡,而青岛群体和北海群体显著偏离中性平衡。综合上述三种技术分析结果,认为文昌鱼3个群体遗传多样性均处于较高水平,厦门群体略高于青岛、北海群体;青岛群体与厦门、北海群体出现明显的遗传分化,厦门群体与北海群体未出现明显遗传分化。（5）采用FIASCO法,利用生物素标记的（GT）15、（CT）15混合寡核苷酸探针从玉足海参、糙海参和糙刺参的基因组DNA的Mse I酶切片段中筛选出微卫星序列,玉足海参最终获得8个多态性位点,每个位点的等位基因数（Na）为2-6个,多态信息含量（PIC）为0.371-0.694,观察杂合度（Ho）为0.1154-0.7000,期望杂合度（He）为0.3913-0.6701;糙海参最终获得9个多态性位点,每个位点的等位基因数（Na）为2-5个,多态信息含量（PIC）为0.402-0.670,观察杂合度（Ho）为0.1200-0.7391,期望杂合度（He）为0.2408-0.5983;糙刺参最终获得9个多态性位点,每个位点的等位基因数（Na）为2-5个,多态信息含量（PIC）为0.348-0.584,观察杂合度（Ho）为0.0554-0.8000,期望杂合度（He）为0.2014-0.5000。三种海参共26个多态位点均为中高度多态性位点,是玉足海参、糙海参、糙刺参及其他热带海参在种群遗传结构、保护遗传学及遗传育种等方面研究的有力工具。