公司治理结构代表着组织的“神经系统”,直接影响着公司财务绩效。作为公司治理结构基础的股权结构,决定着公司的利益分配模式和组织结构模式,同财务绩效也有着一定的关系。不同的股权结构会对财务绩效造成不同的影响,对于不同的行业,相同的股权结构对财务绩效的影响也不相同。二十一世纪以来高新技术企业对于社会经济发展的贡献越来越大,是国民经济增长的重要动力。而创业板上的高新技术企业运作普遍良好,成长性较强。合适的股权结构会对创业板高新技术企业的财务绩效产生正面的影响。通过研究创业板高新技术企业股权结构与财务绩效的关系,找出比较适合创业板高新技术企业的股权结构来提高财务绩效,对于企业的发展具有重要的现实意义。本文通过对股权结构与财务绩效相关理论的介绍,阐明股权结构通过某种机制对于财务绩效产生影响。选取了创业板上市的305家高新技术企业,搜集2013年年报数据并作为样本,通过统计分析描述了创业板高新技术企业的股权结构特征和财务绩效现状;并对选取的12项财务绩效指标进行主成分分析,得出一个财务绩效综合值从而较全面的反映公司财务绩效;在实证分析中将该值作为被解释变量,从股权性质和股权集中度两个方面选取解释变量做回归分析。结果表明财务绩效与国有股股东持股比例和法人股股东持股比例不存在显著的相关关系;高管股股东的持股比例与财务绩效成正相关关系;流通股股东持股比例与财务绩效呈现倒U型关系;财务绩效与第一大股东持股比例呈正相关关系;财务绩效与前十大股东持股比例呈正相关关系。最后提出优化股权结构推动创业板高新技术企业更好发展的建议。