胶质母细胞瘤硬度相关生物过程分析及生存预测模型构建

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:qq53670018
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
背景:胶质母细胞瘤(Glioblastoma,GBM)是最常见的中枢神经系统原发恶性肿瘤,患者预后非常差,因此,探究肿瘤进展机制,寻找治疗靶点和标志物有重要意义。肿瘤组织硬度增加是实体肿瘤共同的特征。GBM硬度增加可通过多种生物学过程促进GBM增殖、侵袭、上皮-间质转化及药物抵抗,是潜在的治疗靶点和临床标志物。为进一步探究GBM肿瘤相关生物学过程的特点,筛选GBM硬度相关特征基因并探究其临床预后价值,本研究利用数据库来源数据集及生物信息学分析技术和机器学习方法,探究与GBM肿瘤硬度调控相关的分子及调控通路,筛选GBM硬度相关特征基因集,并构建生存预后模型。方法:本研究基于癌症基因组学图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中IDH野生型新诊断GBM患者RNA测序数据和临床数据,利用一致性聚类将GBM患者进行分类,并通过基因差异表达分析、通路富集分析、基因集富集分析、蛋白质相互作用分析得到GBM硬度相关分子及调控通路,利用随机森林模型筛选GBM硬度相关特征基因并构建GBM硬度预测模型和生存预后模型。本研究还利用CIBERSORT算法和ESTIMATE算法分析GBM硬度相特征和免疫浸润、基质评分相关性。结果:本研究共纳入新诊断GBM患者141例,中位年龄为62岁,男女比例约为1.86。根据既往研究提出的GBM肿瘤硬度相关调控过程,本研究将GBM分为生物学过程意义上的软肿瘤(BP_soft)和生物学过程意义上的硬肿瘤(BP_stiff)两种亚型,其中位总生存期(14.7m对10.6m,p=0.044)和中位无进展生存期(9.8m对4.4m,p=0.001)具有显著性差异。通过差异表达分析、通路富集分析及GSEA分析,本研究发现肿瘤硬度调控与ECM组成成分及纤维交联结构、肿瘤细胞增殖及胶原成分相关,与糖胺聚糖、整合素、生长因子及基质金属蛋白酶信号通路相关,且BP_soft亚型血管生成通路显著下调。免疫浸润分析显示,BP_soft亚型的GBM组织中活化CD4+记忆T细胞、滤泡辅助T细胞、静息态CD4+记忆T细胞、M0型巨噬细胞比例高于BP_stiff亚型,M2型巨噬细胞比例低于BP_stiff亚型。利用RF模型和生存分析,本研究筛选出13个GBM硬度相关特征基因:ANKRD1、CLU、FGF9、KRT19、L1CAM、LOX、LOXL1、MLPH、MMP19、NCKAP1L、RAB27A、SDC4、WNT2。基于上述GBM硬度相关特征基因集,本研究构建了 GBM肿瘤硬度预测模型、GBM硬度相关生存预测模型。结论:本研究将GBM分为BP_soft和BP_stiff两种亚型。本研究构建了 GBM硬度相关特征基因集,并基于此构建了 GBM肿瘤硬度预测模型、GBM硬度相关生存预测模型。此外,本研究发现BP soft亚型血管生成通路显著下调,而BP stiff亚型M2型巨噬细胞比例更高,具有进一步探究生存评估的潜力。
其他文献
课题一:肺泡巨噬细胞Lkb1对其自稳的调控缺失。过氧化物酶体增殖物激活受体-γ(peroxisome proliferator-activatedreceptor-γ,PPAR-y)的基因或蛋白表达水平在Cd11cCreLkb1f/f小鼠AM中均降低,其激动剂可部分挽救AM脂质堆积状态。结论:Lkb1在AM胞内糖脂代谢调节过程中起到了重要作用。ROS抑制剂或PPAR-γ激动剂可一定程度挽救Lkb1
研究背景与目的:免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors,ICIs)为肿瘤治疗领域带来革新性的改变,已广泛应用于晚期肺癌的治疗中。患者在接受ICIs治疗过程中出现了一系列全新的不良反应,与ICIs药物引起机体免疫平衡紊乱相关,称免疫相关不良反应(immune-related adverse events,irAEs)。既往队列研究提示irAEs与免疫治疗预后存在相
背景和目的排尿障碍在老年人群中的发病率越来越高,而神经系统损害常被认为是排尿障碍重要的影响因素。脑小血管病影像学标志物是脑小血管病诊断的重要手段。但影像学标志物和排尿障碍之间的关系目前并不清楚。因此本研究旨在为探索脑小血管病人群排尿障碍的分布,影像学标志物和排尿障碍之间的联系,有助于脑小血管病患者的早期诊断以及未来针对脑小血管病患者排尿障碍的医治打下基础。方法本研究使用脑小血管病队列研究数据库,纳
背景限制型心肌病是最罕见的心肌病类型,由于心肌顺应性降低,患者的心室舒张功能受损。目前的国内外研究现状是已有的遗传性限制型心肌病报道十分有限,虽然已定位了部分相关基因,但具体遗传位点的致病性、相关分子致病机制及信号通路探索仍有待完善。SLC4A3编码细胞膜上酸碱离子转运蛋白AE3,介导跨膜Cl-内运和HCO3-外运,高表达于心肌突变可以引起细胞系及动物心肌细胞的离子转运异常,影响细胞内pH值。该离
研究目的探究类风湿关节炎患者滑膜组织的特异性蛋白质谱,比较其与反应性增生滑膜的差异,分析其差异蛋白的特点,发现具有标记性意义的通路及靶点,指导进一步对不同病因滑膜炎特点的探究,以期为临床上滑膜炎的病因诊断提供更多的理论支撑研究方法采用病例对照的方式纳入北京协和医院单中心内行膝关节镜手术的类风湿关节炎患者(实验组)及半月板损伤患者(对照组),通过术前访视收集患者人口学、病史、症状、体征、影像学及实验
背景妊娠滋养细胞肿瘤包含一系列与妊娠相关的肿瘤性疾病,主要包括侵袭性葡萄胎、绒毛膜癌,以及较为罕见的其他类型。侵袭性葡萄胎与绒癌起源于绒毛滋养层细胞,具有与其他体细胞来源实体肿瘤截然不同的生物学特性。治疗方面,绒癌常使用多种药物联合化疗的方案,如EMA-CO、FAEV等,但部分患者因化疗耐药、肿瘤复发,5年生存率受到严重影响。自CTLA-4抑制剂2011年首次获批后,多种免疫检查点抑制剂陆续进入肿
急性心肌梗死严重威胁着人类的健康,早期血流恢复对维持心脏功能、减轻心肌细胞损伤具有重要作用。然而,随着血流恢复,心肌组织结构和心功能产生进一步损伤称为心肌缺血再灌注损伤(Myocardial ischemia reperfusion injury,MIRI)。炎症反应是MIRI的重要病理机制之一,缺血/再灌注(ischemia/reperfusion,I/R)诱导NLRP3炎症小体活化,由此产生的
研究背景特纳综合征(Turner Syndrome,TS)是一组由X染色体数目或结构异常引起的性染色体异常疾病,主要临床表现为身材矮小、先天性卵巢发育不全、特征性体貌以及自身免疫性疾病风险增加等。TS患者由于先天性卵巢发育不全,常出现高促性腺激素型性腺功能减退,且骨龄发育模式异于正常儿童。肾上腺青春期与性腺青春期的关系较为复杂,机制尚不完全清楚,各中心研究结论存在较多不一致性。特纳综合征患者性腺功
目的:探索系统性红斑狼疮(SLE)发生缺血性骨坏死(AVN)的临床特点及危险因素,建立基于临床队列的SLE-AVN的COX回归风险预测模型。方法:研究对象为中国系统性红斑狼疮研究协作组(CSTAR)SLE注册队列中的患者,纳入标准为SLE确诊2年内入组的患者,且对AVN事件的观测时长满2年。通过统一的电子数据收集系统记录患者每次随访的关键信息,并通过电子问卷进行补充随访,记录AVN事件是否发生及发
目的:探究补体H因子(complementfactor H,CFH)在类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)发病机制中的作用,为治疗RA提供新的思路。方法:收集初治RA患者、自身免疫疾病对照及健康对照的外周血标本,分离血浆及磁珠分选CD14+单核细胞,用ELISA法测定血清CFH水平并分析及其与临床活动度的关系。用不同炎性细胞因子体外刺激单核细胞以评估细胞因子与CFH之间的