高校为了合理的整合高等教育资源，充分运用内部控制的制衡原理，降低各类可能发生的风险，确保管理行为的合法合规，有效的防范舞弊和预防腐败，提高资金的使用效率，确保公共服务的质量和效果，取得更大的经济效益和社会效益，现阶段必须建立起完善的内部控制体系。本文从研究内部控制理论入手，通过对国内外高校内部控制理论成果的梳理以及将高校内部控制和企业内部控制进行对比分析，运用COSO内部控制理论成果，结合高校的办学目标和特点，构建了一套高校内部控制体系，并以云南省A高校的管理实际为案例，从内部控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、内部监督五个方面深入剖析了 A高校内部控制的现状，指出A高校内部控制中存在控制环境不佳，风险意识薄弱，未建立完整的内部控制体系等问题，并进行了原因分析，提出应通过合理设置学校组织机构等方式改善内部控制环境，提高风险意识，建立风险评估和风险应对机制来加强风险管理等对策和建议，以此达到通过建立并运用内控体系，帮助管理者发现内控中存在的问题，同时也能防患于未然，促进高等教育事业健康与可持续发展。