在广东乃至整个华南地区,由于水系发达,大部分地区是以鸭-鱼混养模式为主。在养殖过程中,大量的抗菌药物被用于促生长和防治疾病,导致动物源性致病菌的耐药性越来越严重,这些携带有耐药基因(ARGs)的细菌经排泄物等途径未经处理就进入环境土壤、地表、地下水体中,成为环境中抗生素耐药基因的主要来源,而ARGs作为一种潜在的环境污染物,受到了人们的广泛关注。本论文选择三个广东地区典型的鸭鱼混养型养殖场,按一年四个季度连续四次采集养殖场周边环境样品(土壤、底泥、水),通过荧光定量的方法连续监测其耐药基因丰度;以及通过16S rDNA高通量测序的方法监测微生物群落结构的变化情况。监测结果显示,在所有样品中磺胺类药物耐药基因的丰度较高,其中以sul1基因丰度最高,在土壤、底泥和水中的平均相对丰度分别达到8.15×10-1、3.12×10-1和2.31×10-1copies/16S rDNA copies,高于之前文献报告的丰度,环境中耐药基因污染严重;结合各类基因丰度大小及其相关性分析,初步确定了每类药物耐药基因中具有代表性的指示基因,即磺胺类药物的sul1基因,四环素类药物的tetM基因,喹诺酮类药物的aac(6’)-Ib基因,酰胺醇类药物的floR基因,β-内酰胺类药物的blaTEM基因。在不同种类环境样品中,微生物群落基因丰度呈现土壤样品>底泥>水的变化趋势(p<0.05),而耐药基因的相对总浓度(∑ARGs)表现为土壤显著高于底泥和水。在不同的采样季节之间,微生物群落(16S rDNA)的丰度和耐药基因的相对丰度(∑ARGs copies/16S rDNA copies)均出现一定的变化,但无明显的变化规律。对环境样品的微生物结构多样性分析结果表明,不同种类的环境样本在不同季节其微生物群落结构多样性存在一定的差异,其群落优势细菌为变形杆菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和绿弯菌门(Chloroflexi);其中致病优势细菌为不动杆菌属、假单胞菌属和黄杆菌素细菌等,且在不同种类环境样本和季节中所占的比例均表现不同。经致病菌与耐药基因的相关性研究表明,黄杆菌属、棒状杆菌和假单胞菌属与耐药基因之间具有较强的相关性,环境中主要种类抗菌药耐药基因的丰度变化与环境中致病菌之间存在一定关系。本文研究结果可为鸭鱼混养场在不同季节的疾病防治及其合理用药提供一定的参考。