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目的:制备一种新型的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)检测芯片,并以此研究5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶(5,10-methylenetetrahydrofolate reductase,MTHFR)基因SNP与中国人群恶性血液病发病风险的关系。方法:根据cDNA芯片原理制作一种目的基因芯片,利用双色荧光探针杂交进行SNP位点检测,测序法对该芯片检测结果的准确性进行验证。在新型SNP检测芯片的制备中对三种表面功能化的基片:氨基玻片、醛基玻片和多聚赖氨酸玻片的DNA固定效率进行了比较。对紫外交连强度和点样的DNA浓度进行了优化。并使用制备的芯片对来自中国江苏地区的157例健康对照和127例恶性血液病患者[30例多发性骨髓瘤(MM),28例非霍奇金淋巴瘤(NHL),22例急性淋巴细胞白血病(ALL),40例急性髓系白血病(AML),7例慢性髓系白血病(CML)]的MTHFR基因C677T和A1298C两个多态位点进行检测。结果:根据固定效率,氨基玻片被选择为芯片基片。紫外交联强度为400 mJ,点样用的DNA浓度为300μg/ml时,信号强度最好。野生型、杂合型和突变型的叠加荧光分别显示为绿色、黄色和红色。测序结果与芯片结果吻合。MTHFRC677T的C、T等位基因频率在患者组和对照组中分别为58.7%、41.3%和66.9%、33.1%;677CC、677CT、677TT基因型频率在两组中分别为37.8%、41.7%、20.5%和45.9%、42.0%、12.1%。MTHFRA1298C的A、C等位基因频率在患者组和对照组中分别为83.1%、16.9%和84.1%、15.9%;1298AA、1298AC、1298CC基因型频率在两组中分别为70.9%、24.4%、4.7%和69.4%、29.3%、1.3%。其中,677C、T在两组中分布有显著差异(χ2=4.08,P=.043)。整体多因素分析未发现何种基因型与恶性血液病的发病风险相关,但MM组中的677TT(33.3%)和1298CC(6.7%)基因型频率均明显高于对照组,差异有显著性(OR 8.92,95%CI 1.06-75.24,P=.006;OR=4.80,95%CI 1.56-14.73,P=.044)。未发现何种基因型与ALL、AML和NHL的发病风险有关。结论:该芯片检测方法准确、高通量且价格低廉,适用于大规模样本SNP调查。MTHFR SNP影响中国人群的恶性血液病的发病风险,MTHFR677TT和MTHFR1298CC基因型对MM易感。