细胞体内分离鉴定RNA结合蛋白结合的靶mRNA技术的建立和验证

来源 :中国协和医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:aihechashui
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转录后水平的基因表达调控是细胞生长和分化过程中最重要的调节机制之一。转录后水平的调控会影响很多基因的蛋白表达水平和细胞内蛋白表达的特定位置,从而影响细胞的分化方向。RNA结合蛋白是转录后水平基因表达调控的主要承担者。RNA结合蛋白(RNA—binding protein,RBP)多具有保守的RNA结合模体(RNA—binding motifs,RBM),其所结合的靶RNA也多具有特异结构或序列,RNA结合蛋白通过RNA结合模体来特异地与靶RNA的特异结构或序列结合,进而调节这些RNA的剪辑、运输、稳定性和翻译等。体内分离和鉴定RNA结合蛋白的核糖核蛋白复合体已成为基因组后时期的一个具有重要意义的挑战。 本工作建立了一种能够全景式分离鉴定RNA结合蛋白靶mRNA的技术平台。本技术平台的路线是:分别构建生物素连接酶(BirA)基因、可生物素化多肽标签(BAP)—RNA结合蛋白融合基因的真核表达载体。共转染上述真核表达载体至细胞内使其表达,在生物素存在的前提下,利用生物素连接酶(BirA酶)使可被生物素化的多肽标签进行生物素化,通过Streptavidin Sepharose—beads的一步纯化,即可获得与多肽标签融合表达的RNA结合蛋白及其靶mRNA,即核糖核蛋白复合体Ribonucleoprotein,RNP。工作中通过Western blot方法验证了该项技术路线的可靠性,表明Streptavidin Sepharose—beads的一步纯化法可以简便得到核糖核蛋白复合体。本工作还通过RT-PCR方法检测已知PCBP2蛋白所结合的靶mRNA:Trx2、Cln2、PPT2和coxⅡ mRNA。
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