基因芯片(Gene Chip)作为一项新兴技术能够高通量的、平行的检测大量基因的表达,适合于研究复杂的生物学现象.骨骼肌的发育机理一直是生物学研究的热点,各种模式生物对肌肉发生研究都发挥着各自的作用,而鸡作为重要的实验动物模型,在研究肌肉发生机理方面有着其特别的优势.蛋鸡和肉鸡是经过长期遗传选育形成的两个品系,在相同的饲养条件下,肉鸡的骨骼肌生长速度远快于蛋鸡,在基因组水平上具有大体相同的遗传背景和与其特定性状(肌肉生长速度)相关的微小差异,因此,寻找蛋鸡和肉鸡骨骼肌组织的差异表达基因可以为研究肌肉的发育机理提供重要线索.该课题为了寻找相关的蛋肉鸡骨骼肌组织差异表达基因,首先建立了cDNA基因芯片平台,针对不同基团包被的玻片进行了比较,比较了不同点样缓冲液,分析了不同DNA浓度和点样针对芯片样点均一性的影响,以及比较了不同的探针标记方法和相关的cDNA芯片的重复性、敏感度检测.得到cDNA芯片制备的优化方案,并在此基础上构建鸡的骨骼肌cDNA芯片.鸡的骨骼肌cDNA芯片制备:首先,从蛋鸡的骨骼肌文库随机挑耿7296个克隆进行PCR扩增,经纯化、电泳检测,筛选出5 376个cDNA用于芯片制备.并以不同的荧光物标记7周龄蛋鸡和肉鸡的骨骼肌组织mRNA,与点样有鸡5 376个cDNA的芯片杂交,利用差异表达基因筛选的SMA方法分析数据,在0.0001显著性水平上得到35个差异基因(ratio>2),并通过Northern Blot方法初步验证了其中的9个候选基因,为研究鸡的骨骼肌发育机理奠定了基础.