重大科研项目设立的目的,是解决国家社会和经济生产中遇到的重大科研问题并培养科技人才,这体现了国家科学发展的战略目标。重大科研项目与一般科研项目相比,具有重、大、深、难等特点。如果仅靠单个科学家或单个学科科研团队,很难有重大科研成就,需要具有不同学科背景的科学家和课题组密切协作,形成相对完整的知识结构来产生前瞻性的研究成果。也因此,科研合作是各国解决重大科学问题的必要手段。但目前的状况是,在课题制的管理模式下,科学合作是重大科研项目执行的必要手段,而重大科研项目研究中缺乏有效的合作又是影响项目执行过程和产出效率的重要因素。重大科研项目在执行过程中,由于课题组之间缺乏有效合作、交流,被人为分割成相互脱节的小课题,直接影响其取得应有的科研成果,是当前我国重大项目研究中出现的一个较为突出的问题。基于此,论文研究尝试解决的核心问题是:在当今市场经济背景下,在重大科研项目的“课题制”管理模式下,当科研经费已经不再是科研产出的主要限制时,重大项目执行过程中低水平的合作状态产生的内在逻辑是什么?这对于以后科研合作如何走出困境,推进国家战略目标的实现具有重要的意义。本文调查了重大科研项目团队中的项目主持人、课题负责人以及课题组成员对于重大项目合作状态、合作关系、协同情况和合作障碍的认识,统计结果表明虽然重大科研项目的团队倾向于用合作规则保证合作,课题组之间虽然存在沟通交流机制,但却普遍缺乏有效的交流与合作,使得重大科研项目团队本身分化成为关联较弱的小课题,这偏离了重大项目实现集成效应的初衷。虽然重大项目科研团队在管理上注重相关制度性要求,可是为何科研人员对其合作状况的认识是缺乏交流的?笔者认为,必定有更深层次的原因影响着科研人员的行为选择。笔者发现,重大项目科研团队中存在的这些现象与马伊里在2006年沿用的组织社会学中的“有组织无序”理论来阐述的政府合作困境非常相似。通过对参与过重大科研项目的科研人员进行深入访谈,笔者发现,重大科研项目团队合作困境的产生,不仅受到结构化、规范化的团队管理机制的影响,还受到项目执行时行动空间中科学家的策略性投机行为和交互性行为的影响。通过访谈,笔者还发现重大科研项目团队能否顺利进行,取决于四个重要环节:资源非对称性依赖、组织认同、协商式资源交换过程和合作规则的形成过程。这四个过程交织在一起,共同导致重大科研项目团队的合作困境:课题组之间基于资源整合的需要而开展合作,资源整合的过程就是资源在课题组之间重新配置的过程;课题组之间资源交换的过程是一种“协商式交换”,是“付出资源-取得回报”的价值链的循环,这个过程具有时间和空间间隔,所以具有回报延时性和收益不确定性两种特点;在资源协商式交换的时间和空间间隔中,科学家会通过提供自身合理价值基础和增加他人对自身的依赖这两种方式影响资源合作规则的形成;科学家在影响合作规则的过程中,会受到个体独立目标、合作基础和信任基础的影响,从而无法形成“组织认同”。要走出合作困境,可以从改善课题组资源配置现状、提高资源转化效率、构建利益共享的学术生态圈、促进跨学科团队建设、促进管理部门的信息化建设等入手。