抗战爆发后,国军在原有基础上建立了战时的军队系统,这个系统逐渐发展成为包含战区、集团军两个主要层级的体系。此体系在不同的面向有着丰富的内涵,在自身的组织形态、内部的派系因素、与地方行政的关系方面体现出不同的特点。　　国军的军队状况与作战能力与军队系统的组织形态关系匪浅。战区—集团军体系在组织形态方面,无论是宏观的基本架构还是微观的军、师编制之设置上均存在不少痼疾,而历年来的军队整理也未能解决这些问题。战时,军队系统确立了以战区、集团军的两级架构,一定程度适应了战争,但也日益积累了新的问题。八年间军、师的编制经过了三次改动,虽然编制陆续统一,但其设置始终徘徊于低水平,实际配备更是困难。抗战初期的整军为应付作战盲目扩大兵额,在使得军队系统陷入了量大质劣的窘境,同时引发了军内关于“缩军”的持久论争。直至战争的最后阶段,在美国的帮助下,上述组织形态的问题方才得以部分解决。　　派系问题是战区—集团军体系内部最关键的问题。在形式上军令、军政统一的军队系统内部,一直有着派系的存在和派系的活动。战时各个地方派系进行着各自的生态演化,在复杂的新陈代谢后,仍然保持一定的独立性,同时还占据了相当的权势地位。蒋介石集团在持续壮大的同时,其嫡系自身发生了裂变,生发出新的小派别。派系的存在和活动,为战区.集团军体系的实际运作制订了潜在的规则,并影响着其内部关系。统帅部与军队系统在军令、军政上的互动和博弈,军队系统对于统帅部的态度,以及军队系统中同级和上下级之问存在着协作和指挥上的困难等等,都与派系因素紧密相关。　　抗战之中的战区—集团军体系不仅是一个军队系统,而且还是一个军政系统。该体系在介入地方行政的同时,与地方行政也进行着多样的互动,这是战区—集团军重要的外在问题。抗战之前军治与民治之间的平衡,在战时被以军权为中心的党政军一体化体制所打破,地方政权的各个层次出现了“军进民退”的现象。最显著的“军进民退”发生在省一级政权中,军队系统中的主官纷纷兼理或转任省主席,各省政务遂被置于军队系统的直接治理下。“军人治政”导致军事相关的要政较快发展,部分民生相关的政务也得到实施,然而军人省主席以“武法”推行“文治”的做法,实有利有弊。此外,军队系统与地方行政的互动中,产生了许多矛盾,军、政双方在地方行政系统中角力,而粮食征集成为它们斗争的焦点,军队系统在各地卖粮、经商等行为,又增加着新的冲突。　　总的来看,战区—集团军体系在组织形态上的诸多弊病.源于多方面的掣肘。军队系统中的派系问题与军队系统对地方政治的介入,某种意义上是北洋时代的“军阀政治”和“军绅政权”在战争状态下之复起和变体。另外,战区—集团军体系与抗日战争是一对变动着的互为因果的关系。战区—集团军体系各方面的表现和特点,则和国民党政权命运的兴衰紧密相关。