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目的：研究接受HAART治疗艾滋病患者出现临床毒副作用情况与线粒体损伤的动态变化,为艾滋病毒副作用监测和预警提供理论依据。方法：实验组为昆明市第三人民医院门诊2011年4月-8月初治的艾滋病患者。对照组30例为中国科学院昆明动物研究所实验室研究人员。收集入组患者相关的一般资料、在治疗前和治疗后(1月、3月、6月、12月、15月、18月、24月)进行相关实验室检查资料：肝功能(ALT、AST)、血液细胞分析、血乳酸水平、病毒性肝炎、CD4+T淋巴细胞计数、CD8+T淋巴细胞计数及]AART治疗方案,通过问诊及专科检查记录患者药疹、末梢神经炎及脂肪萎缩等情况,并记录相关临床毒副作用出现时间和治疗方案变更情况。同时提取外周静脉血全基因组DNA,应用Real-time PCR通过双标准曲线法检测线粒体DNA(mtDNA)拷贝数和损伤率,应用普通PCR检测线粒体DNA大片段缺失。结合临床资料,分析临床毒副作用情况与线粒体损伤的动态变化,进行线粒体损伤相关高危因素分析。结果：共入组73例,死亡率为1.4%,39.7%合并肝炎病毒。22.2%出现临床毒副作用,最常见的临床毒副作用为骨髓抑制(12.3%),发生于3.2±2.1月。其次为肝毒性(11.0%)3.1±2.2月出现、药疹(5.5%)发生为1、2、3月、末梢神经炎(5.5%)发生于3、4、7、8月、乳酸酸中毒发生于8月(1.4%,死亡)和脂肪萎缩发生于13月(1.4%)。随着年龄增大,临床毒副作用发生率越高。CD4+T淋巴细胞数计数分别在0-6月、6-12月和12-24月平均上升94.Ocell/μL.44.3cell/μL和34.7cell/μL。静脉吸毒的HIV/AIDS患者治疗后CD4+T淋巴细胞计数上升幅度小于其他传播途径的患者。HIV/AIDS患者在治疗前mtDNA拷贝数为247.37±198.35, mtDNA拷贝数随着治疗时间呈递减趋势,治疗24月mtDNA拷贝数为154.94±253.12。出现临床毒副作用的患者mtDNA拷贝数下降显著,且发生临床毒副作用的患者mtDNA拷贝数下降显著高于单纯HIV/AIDS患者。治疗后mtDNA拷贝数的下降与肝毒性、末梢神经炎、乳酸酸中毒和脂肪萎缩相关,肝毒性患者mtDNA拷贝数为325.48±24.38的,治疗1月mtDNA拷贝数为263.27±12.11。4例末梢神经炎中2例发生较早的患者mtDNA拷贝数53.45±32.11,2例发生时间较晚的患者mtDNA拷贝数下降为143.25±41.78。发生乳酸酸中毒的患者和脂肪萎缩的患者mtDNA拷贝数分别下降95.23和136.85。老年、合并肝炎病毒感染患者mtDNA拷贝数显著下降。2例大片段缺失的患者中,2例出现肝毒性,其中1例合并末梢神经炎。线粒体DNA损伤率24月动态随访无显著变化。结论：接受HAART治疗的艾滋病患者临床毒副作用发生率高,是导致患者死亡的重要原因,需密切监测。经过HAART治疗后,除了骨髓抑制,mtDNA拷贝数在发生肝毒性、末梢神经炎、乳酸酸中毒和脂肪萎缩之前明显下降,故可对其临床毒副作用发生进行预警,同时也是监测线粒体毒性安全可靠的方法。