蛋白质的分离纯化与分离分析一直备受关注,发展高效绿色的蛋白质分离纯化与分离分析方法具有十分重要的意义。低共熔溶剂（deep eutectic solvent,DES）作为新一代的绿色溶剂,具有许多独特的物理化学性质,在蛋白质领域有诸多应用。基于低共熔溶剂的双水相体系（aqueous two-phase system,ATPS）是一种绿色环保的蛋白质萃取分离方法,然而尚未发现有效的反萃取方法以去除DES、实现蛋白质的高效纯化。毛细管电泳（capillary electrophoresis,CE）是蛋白质分离分析的强大工具,如何高效抑制蛋白质的管壁吸附是需要解决的关键问题。六氟异丙醇（hexafluoroisopropanol,HFIP）是一种性质优越的全氟代醇,可作为氢键给体与季铵盐类形成性能优越的DES（HFIP-DES）。本论文将HFIP-DES与双水相萃取技术和CE动态涂层技术相结合,分别应用于蛋白质的分离纯化与CE分离分析研究。主要内容如下:（1）以HFIP为氢键给体,短链季铵盐为氢键受体,制备HFIP-DES,构建由HFIP-DES与无机盐组成的ATPS。选择分相能力强、萃取效率高的氯化胆碱-HFIP DES作为萃取剂,K₂HPO₄作为分相盐,建立蛋白质的双水相萃取方法;并首次提出以水为溶剂的反萃取方法,从DES富集相中进一步分离纯化蛋白质、去除DES。以牛血清白蛋白（bovine serum albumin,BSA）为代表性蛋白质,结合单因素法和响应曲面法,筛选最佳萃取条件和反萃取条件。最佳条件下,BSA的萃取率大于99%,反萃取率大于90%,辅以超滤和冷冻干燥处理,可获得纯度高于91%的BSA产品,且方法已成功应用于实际样品小牛血清中BSA的分离纯化。通过紫外光谱、红外光谱、圆二色谱、活性测定表征经萃取-反萃取制得的蛋白质的结构与活性,7种不同性质的蛋白质（BSA、溶菌酶、牛血红蛋白、卵清蛋白、α-胰凝乳蛋白酶A、胃蛋白酶、谷蛋白）呈现不同的结果:亲水性蛋白质的结构和活性得到保持,疏水性蛋白质的结构和活性发生了改变。结合动态光散射和透射电镜探究了分离纯化机理,结果表明蛋白质可以通过氢键、疏水等相互作用与DES发生团聚,形成DES-蛋白质聚集体,而被萃取于DES富集相。反萃取溶剂水对DES-蛋白质聚集体的破坏作用导致蛋白质被释放,释放出的蛋白质由于在HFIP-DES水溶液中溶解度较低而沉淀析出。（2）以HFIP为氢键给体,阳离子表面活性剂（cation surfactant,CS,包括十烷基、十二烷基、十四烷基、十六烷基三甲基溴化铵）为氢键受体,制备HFIP-CS DES。首次将HFIP-CS DES作为缓冲液添加剂制备毛细管动态涂层,用于6种酸碱蛋白质（α-胰凝乳蛋白酶A、胰蛋白酶、细胞色素C、溶菌酶、BSA、牛血红蛋白）的CE分离分析。研究了DES的组成和浓度、缓冲盐溶液浓度和p H值对DES动态涂层的电渗流调控能力和蛋白质分离能力的影响。在最佳分离条件下,十二烷基、十四烷基、十六烷基三甲基溴化铵与HFIP形成的DES作为添加剂所制备的动态涂层对蛋白质均显示出较高的分离效率（19 000-207 000plates/m）和回收率（91.89%-101.36%）,迁移时间重复性良好（RSD≤1.96%）,表明HFIP-CS DES动态涂层可以高效地抑制蛋白质的管壁吸附,显著提高CE对蛋白质的分离效能。机理研究结果表明,HFIP-CS DES作为缓冲液添加剂可以形成致密、均匀、稳定的表面活性剂双层涂层,而阳离子表面活性剂与HFIP之间的氢键、静电和疏水相互作用对这一性能优越的双层涂层的形成起着至关重要的作用。