随着我国高等院校办学自主权的落实和办学规模的急剧扩大，高校的内部环境和外部环境发生了很大变化，经济活动日益活跃和复杂，在履行教学、科研、社会服务三大职能的过程中，其办学行为已与社会经济行为融为了一体。在新的形势下，高校如何在提高教育教学质量的同时，规范经济行为，整顿财务会计秩序，整合高校的有限资源，提高高校的整体水平和综合竞争力成为高校所面临的焦点问题。在高校财务分级管理体制下，现行的内部控制制度执行方式已不能满足高校管理的需要，建立和健全分级管理下内部控制体系已成为迫切需要研究和解决的热点课题。　　本文以内部控制理论和委托代理理论、期望理论为理论指导，在对国内外高校现行内部控制系统进行系统深入分析的基础上，提出了对我国高校内部控制体系的构想:从财务管理的角度出发，在高校“统一领导，分级管理”的财务管理体制下，建设校、院两级的内部控制体系，使分级管理与内部控制有机结合。在统一高校内部控制原则和目标的基础上，校级内部控制侧重于经济风险控制、组织规划和经济责任制的建设，为学院内部控制创造条件并对其进行必要的指导，并通过目标管理的方式实现对院级单位内部控制的再控制;院级内部控制是高校内部控制目标的最终实现过程，论文以学院为例，详细讨论了具体实施内部控制的主要环节和实现方法，对组织规划控制、授权批准控制、预算控制、业务过程控制、资产保全控制、内部报告控制、制度文件控制以及监督等项控制活动进行了具体设计。通过细化管理，将内部控制目标融入到各项控制活动和过程中去，从而实现多点多面的全方位控制，使内部控制真正成为高校自我调节、自我制约的内在机制。　　本文旨在通过对高校分级管理下内部控制体系的研究，为高校内部控制体系构建提供一个基本框架和思路，并尝试将目标管理的方法引入到高校内部控制体系中，创新高校内部控制的实施方式，以保证高校内部控制目标的最终实现。