农业非点源污染已成为水质恶化的主要污染源，农业盐碱地的综合开发，特别是水田开发会导致大量盐分污染物进入地势较低的受纳水体，引起水体水环境质量恶化等一系列环境问题，进而影响灌区社会经济的可持续发展。本研究以查干湖自然保护区作为研究对象，充分运用环境科学、生态学、水化学、地理学、数学模型模拟、数学以及统计学的理论与方法，采用野外试验采样与室内分析相结合的研究方法，对查干湖水质现状进行研究，包括水化学特征、水质现状评价及历年变化趋势分析；在水田开发过程中，确定种稻洗碱各个时期盐分随农田排水的输出规律；在综合分析基础上，合理论证农田排水排入查干湖中的盐分控制浓度建议值，从而为提出减少盐分排入量的控制措施提供依据，对于保护查干湖湿地资源，同时对保证当地居民健康与区域生态环境具有重要意义。　　 查干湖水体中离子以Na+、HCO3-为主，水体呈弱碱性，碱度高，离子系数高，缓冲性能差。查干湖水质指标季节性差异明显，且在不同水文形势下，水质级别有明显变化，各单因子指标一般为地表水Ⅳ-Ⅴ水质标准。确定查干湖的主要污染物分别是CODMn、TN和TP。查干湖现状水体的总盐度较1985年监测数据相比明显降低，尤其是HCO3-、Na＋＋K＋等离子变化最明显。　　 在盐碱地综合开发过程中，在泡田期及生长季水田内的水中同种可溶离子含量均远远高于灌溉水中同种可溶离子含量，且在泡田期洗出的可溶离子含量也均明显高于生长季（即在4、5月份农田排水中盐分浓度最高）。经灌溉水淋洗作用后，淋洗出含量最高的离子为Na＋、HCO3-，可见灌溉水的淋洗作用受土壤性质影响较大，因这一带土壤多为中度苏打盐化草甸土和盐化沼泽土，而这类土壤中HCO3-、Na+含量较高。　　 从防止排水排入查干湖造成盐分大量积累及参阅国内外标准出发，合理论证农田排水中主要离子进入查干湖的控制浓度建议值：建议农田排水中碱度不超过5mmol.L1，建议HCO3-的排放控制浓度为300mg/L;建议排水中Na+排放控制浓度为200mg/L。　　 为减少农田排水排入查干湖的盐分总量，保护查干湖水质及水生生态系统，从以下两个方面提出控制措施：加强灌区水资源的有效利用，从源头上减少农田排水的排放；从农田排水的出路问题进行探索，加强生物排水作用，建立人工湿地生态系统及加强农田排水的资源化利用。