我国2005年修订的《公司法》规定了有限责任公司(下简称为“有限公司”)股权对内转让和对外转让的条件,同时也赋予了公司章程更为广泛的权利。这一规定提升了公司章程的地位,实现了有限公司股权转让限制立法模式由法定限制模式向章程限制模式的重要转变,同时也意味着有限公司股权转让章程自治的措施可以更加具有多样性。新《公司法》第七十二条第四款已经明确有限公司章程可以对股权转让做一定的安排,但对公司章程具体可以做什么样的安排并未限制,修改后章程限制股权转让的效力范围如何也引发了争议。理论和实践上各有分歧,长此以往有可能会形成一种新的社会不稳定因素。本文主体分为五个部分展开。第一部分,案例与问题的提出。该部分通过两则典型案例的介绍,引出现行《公司法》运行中存在的争议。由此引发的思考是公司法第七十二条关于有限公司股权转让的规范性质如何,修改后章程限制股权转让的条款效力如何,有限公司股权转让章程自治有无一定的边界。第二部分,理论争议和实践分歧。该部分阐述了理论界和司法实践中关于股权转让章程自治的效力争议,以及修改后章程限制股权转让的效力范围的分歧。理论界和实务界关于股权转让章程自治的效力分析思路和结论存在较大的差异,关于章程限制股权转让的效力问题,以及修改后章程的效力范围问题,归根结底是应该确立什么样的判断标准问题,这也是后文论述的重点。第三部分,股权转让章程自治的正当性分析。新《公司法》第七十二条从强制性规范和任意性规范的角度理解会得出不同的结论,通过分析我们将其归类为补充性规范,并在此基础上对有限公司股权转让章程自治的正当性进行了分析,包括法律基础、理论基础和外国立法例的比较。基于对有限公司股权转让章程自治正当性基础的分析,进而笔者将对有限公司修改后章程限制股权转让的效力范围进行分析。第四部分,修改后章程限制股权转让的效力范围分析。修改后章程限制股权转让的效力范围问题,主要涉及到修改公司章程遵循的资本多数决原则和小股东利益保护这两个方面。笔者通过分析确认资本多数决应当得到遵守,我们不应以保护小股东利益之名,否定或者部分否定修改后章程的效力,资本多数决运作下修改后章程应与原始章程同等对待。第五部分,有限公司股权转让章程自治的合理界限。有限公司章程对股权转让的限制不是绝对的,其也有一定的合理边界。我们寻求这一边界的根本目的,则是为了能够准确的判断出股权转让章程自治的条款是否有效,即要确立什么样的判断标准问题。笔者具体阐了述判断有限公司股权转让章程自治效力的标准,以此作为有限公司股权转让章程自治的边界线,即不得违反法律强制性规定或者社会公共利益,不得禁止或者变相禁止股权的流通,以及内部转让条件不得高于外部转让条件。最后,笔者用给出的判断标准检验本文引用的案例,确认章程(即便是修改后章程)规定在一定条件下强制股权转让的有效性。新《公司法》的颁布是一个新的起点,如何能够适应公司实践发展的需要,兼顾到公司各方主体的利益,从而实现公司章程自治和公司法之间的最佳平衡状态,这将是未来公司法领域研究的永恒课题,也是公司法学家们的追求之所在。