本研究采用蒙古犬血样,通过基因组结构微卫星分析；对蒙古犬内3个不同毛色品系的遗传结构进行了分析。同时以灰狼、郊狼作为外类群,通过蒙古犬线粒体DNAD-loop区全序列分析与比较,对蒙古犬、家犬亚种内16个家犬品种进行了系统发育分析。研究工作分为两部分。1、以蒙古犬3种毛色类型群体为试验动物,对其基因组中的微卫星结构进行分析,从分子水平上研究蒙古犬群体结构。研究结果表明8个微卫星位点在3个蒙古犬品系中均呈现高度多态,由相关公式计算的平均遗传杂合度、群体多态信息含量分别为0.5614-0.6770和0.5030-0.6171；3个品系间的基因遗传分化系数为0.2183,群体分化程度较大；迁移率在0.4532与1.4178之间变动,均值为1.0234。说明3个蒙古犬品系在此8个微卫星座位上的遗传结构存在一定程度的相似性。分析品系间相似的遗传结构可能与品种的形成史有关。2、根据家犬线粒体基因组DNA序列设计引物,获得了蒙古犬(Mongolia Dogs)线粒体DNA D-loop区全序列。并以灰狼、郊狼作为外类群,对蒙古犬、家犬亚种内16个家犬品种进行了系统发育分析。试验结果发现：蒙古犬线粒体DNA D-loop区序列全长1278bp,存在10个碱基的重复序列,重复单元为TACACGT(A/G) CG,其重复数达31个,较中国藏獒多一个重复单元；碱基序列中A、T含量明显高于G、C含量。系统发育分析发现,蒙古犬与灰狼、英国平毛寻回猎犬、贵宾犬、喜乐蒂牧羊犬、圣伯纳犬聚为一类,从分子水平上验证了蒙古犬起源于灰狼,其在品种形成过程中,上述几种犬可能含有蒙古犬的血统。