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高良姜(Alpinia officinarum Hance)是一种热带多年生的山姜属植物，是世界著名汉药二天油、驱风油、清凉油（万金油）最主要原料来源。高良姜药用价值及其主要活性成分含量在其不同产地、不同生长年份及其不同组织中存在极大差异，对于这种现象，目前还未能找出其本质原因。本论文采用非培养方法研究了不同高良姜样品内生真菌的群落组成及其差异，以期为了解内生菌因素在高良姜道地性形成中的作用提供参考。其主要研究内容和研究结果如下:
1.不同高良姜样品内生真菌的末端限制性酶切片段长度多态性T-RFLP分析
于同一月份收集道地高良姜产地广东省徐闻县龙塘镇高良姜4个不同组织、龙塘高良姜1-4年生根茎以及6个非道地产地高良姜根茎等13个不同的高良姜样品。各样品扩增的真菌rDNA18s和28s间隔序列(rDNA ITS)经HhaI和MspI单酶消化后，总共产生49和52个不同的HhaI和MspI消化的末端限制性酶切片段模式（T-RFs），显示高良姜内生真菌具有丰富的遗传多样性。HhaI消化后其总的T-RFs数目变化在9-22之间，主要的T-RFs变化在2-9之间，Shannon多样性指数变化在0.8794-2.5430;MspI消化后其总T-RFs变化在6-21之间，主要的T-RFs变化在1-10之间;Shannon多样性指数变化在0.9403-2.8904;不同样品其优势的T-RFs也明显不同。
2.高良姜内生真菌rDNA ITS克隆文库的构建、T-RFs鉴定及其种群分析
以高良姜各样品的混合DNA为模板，构建高良姜内生真菌rDNA ITS克隆文库。随机挑选250个白色菌落，酶切分型及T-RFLP分析后总共得到24个不同的限制性酶切片段电泳模式（操作单元）和33个不同的T-RFs。基于序列测定和进化分析，28个T-RFs鉴定到目或以下分类单元:包括伞菌目(Agaricales)、糙孢孔目(Trechisporales)、蜡壳耳目(Sebacinales)、肉座菌目(Hypocreales)、散囊菌目(Eurotiales)、酵母目(Saccharomycetales)、Glomerellales、格孢腔目(Pleosporales)、炭角菌目(Xylariales)、丝孢菌目(Hyphomycetales)以及Magnaporthales。显示高良姜内生真菌具有丰富的种群多样性。
3.不同高良姜样品内生真菌种群组成及其差异分析
基于文库T-RFs对应种群分析结果及每一T-RFs在不同样品中的峰面积比例，对不同高良姜样品内生真菌种群进行了初步的分析。总体上，每一高良姜样品定植3-9个不同的真菌种群，且以其中1种作为优势，其优势种群及其比例随样品而异。1-4年龙塘高良姜根茎样品中总真菌种群数分别为4、6、7、5，显示先随生长年份的增加而增加，然后下降的趋势;龙塘高良姜4年生根茎、叶、茎和根样品内生真菌种群数分别为5、8、7、9，显示高良姜叶和根样品内生真菌种群多样性显著高于根茎和茎样品;高良姜内生真菌种群也显示了一定的组织喜好性，其中镰刀菌（Fusarium spp.）在所有4个组织中被检出，Trechisporales spp.和嘴突脐蠕孢（Exserohilum spp.）主要在两个地下组织根茎和根中被检出。此外，在根组织样品中没有检测到拟盘多毛孢(Pestalotiopsisspp.)和季也蒙毕赤酵母（Pichia guilliermondii），在茎组织中没有检测到帚霉(Scopulariopsis hibernica)。
4.高良姜内生真菌群体组成与其活性成分的相关性分析
采用水提法、水提-气相色谱分析法、甲醇抽提-HLPC法测定了不同高良姜样品3种指标性活性成分总挥发油、桉油精和高良姜素的含量;分别以不同样品HhaI消化的每一T-RFs峰面积、MspI消化的每一T-RFs的峰面积、及内生真菌各种群比例对不同样品进行聚类。三种聚类结果基本一致:活性成分含量最高的4年生龙塘根茎和略低于龙塘根茎的广州根茎，活性成份最低的4年生海安根茎、龙塘叶、茎，活性成分含量居中的4年生海南根茎、曲界根茎以及2、3年生龙塘根茎聚在一起。提示高良姜样品主要活性成分含量与其生真菌种群组成之间较高的相关性，高良姜活性成分含量的差异可能是影响该植物内生真菌多样性的重要原因。