创新型企业是指具备较强国际竞争力、自主知识产权突出、能够依靠技术创新来获取市场竞争优势和持续发展的企业。2006年科技部、全国总工会、国资委三部门启动此项工作以来,相继评估命名了多家国家级正式和试点企业。在此背景下福建省四部委于2007年也启动了省内创新型企业的培育和评估工作,评估认定了八批正式企业。据最新数据统计可得,福建第八批创新型企业获得发明专利平均授权量为3件,新产品(服务)平均销售收入为1.15亿元,与发明专利均值为44件、新产品(服务)销售收入均值为59.67亿元的国家级创新型企业相比,差距异常明显。故研究当前福建创新型企业自主创新的影响因素及创新绩效高低水平,对企业管理者和政府决策者摸清当前企业自主创新薄弱环节、研究制定相关刺激措施,推动福建创新型企业发展具有重要意义。本文首先概述了国内外创新型企业自主创新的主要做法和业绩以明确相关国家、地市创新型企业发展现状;其次采用主成分分析和快速聚类的方法对影响福建创新型企业自主创新的因素进行分类和提取,为下文构建科学合理的指标体系作准备;再次基于企业发明专利、商标、标准、新产品四类主要创新产出的角度,采用随机前沿分析方法(SFA)对福建省第七、八批创新型企业进行实证分析;最后,根据福建九个设区市的不同产出绩效水平、各影响因素的弹性大小以及相关基础理论,给出贴切的对策建议。实证结果显示:福建创新型企业自主创新绩效水平近年来呈现小幅增长趋势,但各地区自主创新绩效水平严重不均衡,其中泉州、福州、厦门三地整体情况较好。从全样本来看,不同创新产出下的绩效水平差异十分明显。四类主要产出中新产品的产出绩效最大、专利的产出绩效其次、商标的产出绩效次之,企业标准的产出绩效最小。福建九个设区市创新型企业创新产出的影响因素与地区经济发展水平高度相关,其中研发资金强度、研发机构以及企业创新文化对福州、厦门、泉州这类绩效较高、经济发达地区的正向促进作用比较明显;研发人员强度、研发资金强度对绩效水平较低、欠发达地区的影响程度较大,总体来看研发资金的促进作用要高于其他影响因素。