海洋科技是促进海洋经济发展的重要支撑点及着力点。本文对海洋科技管理机构、海洋科技管理方式和海洋科技经费来源相关文献资料进行了整理，在借鉴国外海洋科技管理模式和舟山群岛新区海洋科技管理实践经验的基础上，以完善海洋科技重大项目计划体系、健全海洋科技管理运行机制和创新海洋科技投融资体系为研究对象提出创新海洋科技管理的对策建议。在国家重大规划与政策指引下，我国海洋科技管理创新发展。但是，制约海洋科技管理创新的体制机制依然存在，主要表现在海洋科技管理行政化日益凸显、海洋科技管理条块分割十分明显和海洋科技管理机构设置不畅等方面。因此，探索一条符合发展规律的海洋科技管理创新道路是十分必要的。舟山群岛新区依据本地区发展实际进行海洋科技管理探索与实践，主要通过强化海洋科技平台建设、组织实施科技项目计划、加速海洋科技成果转化、拓展对外海洋科技交流和组建科技战略联盟等科技管理创新方式驱动海洋经济发展方式转变和海洋产业转型升级。具体将政策、资金、人才、项目等多种因素优化组合，完善政策体系，创新平台建设，强化海洋科技资源配置，形成“政府主导、多元参与、市场运作”的“大科技”工作体系，支撑舟山群岛新区海洋经济可持续发展。